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青虾,学名日本沼虾(Macrobrachium nipponense),是一种广泛分布于我国淡水水域的主要经济虾类。青虾雌雄个体之间的生物学或者经济性状存在显著差异,如性成熟的雄虾个体明显大于同龄的雌虾,雄虾的生长速度也远大于雌虾。因此,青虾的性别决定和性别控制研究具有重要的学术价值和生产意义。有研究表明,泛素特异性蛋白酶9(ubiquitin-specific protease9, Usp9)在褐家鼠中与X染色体连锁,并且发现其在雌雄脑表达有明显的性别差异,同时该基因在神经系统中参与epsin蛋白去泛素化的过程,与神经细胞的分化和突触的形成有关。Usp9基因的克隆和表达分析在甲壳动物中尚未有相关报道。本文从本实验室构建的青虾精巢文库中筛选到褐家鼠(Rattus norvegicus)“泛素特异性蛋白酶9基因”的同源序列,采用快速扩增cDNA末端(rapid-amplification of cDNA ends, RACE)技术首次克隆了青虾“泛素特异性蛋白酶9基因”(Usp9)的全长cDNA序列。该cDNA序列全长1217bp,包括978bp的开放阅读框(ORF)、120bp的5’非编码区(UTR)和116bp的3’UTR,并且3’端存在Poly(A)尾巴。基因共编码326个氨基酸多肽前体,预测蛋白质分子量为36.53kDa,理论等电点PI为5.32。氨基酸序列分析发现Usp9的蛋白没有信号肽及跨膜区域,表明它是在细胞核内起作用。氨基酸序列比对分析显示,青虾Usp9蛋白与太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)、凤仙花熊蜂(Bombus impatiens)及灰短尾负鼠(Monodelphis domestica)的蛋白相似度分别为99%、97%和95%。系统进化树分析表明,青虾Usp9基因的氨基酸序列与同属甲壳纲的钩额型蚤状溞(Daphnia pulex)进化关系最近而聚为一支。采用荧光定量PCR技术检测了Usp9基因的时空表达,水温28℃时,Usp9基因在青虾发育的后幼体发育期第五天PL5出现表达高峰。Usp9基因在6种成体组织中均有表达,表达水平依次为：脑>腹神经>精巢>卵巢>肌肉>肠。而在雌雄组织差异表达分析表明,精巢中Usp9基因表达量比卵巢的比值为2.86,脑组织中雄虾的表达量比雌虾为2.27,差异均为极其显著(P<0.01)。本研究首次克隆得到了青虾Usp9基因的全长cDNA序列,对其结构特征进行了分析,并首次采用荧光定量PCR技术分析了该基因在青虾胚胎发育、幼体发育和幼虾发育的不同时期和成体组织的时空表达差异,这也是Usp9基因在甲壳动物研究中的首次报道。结果显示Usp9基因在神经系统中发挥作用,且与雄性偏向基因雌雄表达差异趋势一致(雄性表达：雌性表达≥1.5)。本研究为进一步开展青虾Usp9基因功能等相关研究奠定了基础,并可为青虾性别的遗传调控机制研究提供参考。