随着市场化改革的深入，在全国范围内建立统一市场、调整产业结构、促进区域经济共同发展，一直是我国需要完成的重要任务。为了研究地方政府行为对区域产业结构的影响，现有文献多半以宏观经济为背景，从晋升激励制度或者区际贸易的角度进行研究，缺乏从地方政府行为性质的视角进行分析的研究成果。本文把地方政府行为划分为消极型政府行为和积极型政府行为，然后分别研究其对区域产业结构的影响方式和影响程度，进而提出相关建议。所谓消极型政府行为，主要是指为保护本地企业而对外地企业加重税收进而造成贸易壁垒的行为，其后果是造成市场封锁；所谓积极型政府行为，是指致力于经济发展环境的改善的行为，主要包括基础设施建设和产业配套环境建设，其好处是打破壁垒开放市场。本文通过生产替代效应分别分析两种地方政府行为对产业结构差异的影响，结果显示消极型政府行为会导致区域产业结构趋同，而积极型政府行为会导致区域产业结构趋异。在理论分析的基础上，本文将我国划分为东中西部三个地区分别进行实证分析。首先采用相似系数测度各地区产业结构的差异程度并将其作为因变量，其次将产业结构的影响因素——资源禀赋、运输条件、开放程度和两种地方保护纳入自变量并分别量化，最后分别建立东、中、西部地区固定效应动态面板模型。实证结果与理论分析基本一致。在理论和实证分析的基础上，本文得出以下结论：在不考虑产业类别时，消极型的地方政府行为会导致产业结构趋同，而积极型的地方政府行为则会促进地区优势产业的发展，进而有助于地区产业差异化发展。为了更好地推进区域产业结构差异化发展，本文最后提出了几点建议，包括合理选择区域主导产业、促进地方政府职能的转变、建立科学合理的地方官员政绩评价体系和强化地方政府对区域经济协调发展的调控职能。