以驴食草属为外类群,利用核糖体DNA ITS序列及叶绿体非编码区trnL-F序列对岩黄耆属及其近缘属藏豆属进行了分子系统学研究。共测序17种33个个体。并从Genbank上下载岩黄耆属(2个种1个变种)的ITS序列和驴食草属的ITS序列、ITS2序列和trnL-F序列各一条。用最大简约法和邻接法两种方法构建系统树,对其系统学关系加以探讨。ITS序列用两种方法构建的系统树具有相同的拓扑结构,支持将岩黄耆属的木本组独立出来,将藏豆属归并至岩黄耆属中。多茎组和短茎组的同源性很高,可以推断出它们在进化的过程中具有很近的亲缘关系。同样,在ITS2序列区段构建的最大简约树和邻接法构建的系统树结果也基本一致。且本序列与ITS序列得出的结论是一致的。也支持将木本组独立成属,并将藏豆属归并入岩黄耆属中。在叶绿体非编码区trnL-F序列中,用最大简约法构建的系统树和前两个序列构建的系统树得出的结论也相同。而用邻接法构建的系统树得出的结论和前面的系统树有一点差别,即藏豆属没有和扁荚组聚为一支,而是独自成为一支,但也聚到岩黄耆属的内部。综合ITS序列、ITS2序列和trnL-F序列的六个系统树,支持将岩黄耆属的木本组独立成属,将藏豆属归为岩黄耆属,作为岩黄耆属下的一个组。多茎组和短茎组在岩黄耆属中,是亲缘关系最近的两个组。结果还表明,ITS和ITS2序列在岩黄耆属中的进化速率比trnL-F序列快,ITS和ITS2序列的进化程度相近,差异程度都在25%左右,trnL-F序列则只有14.1%。综上所述,本研究支持Choi和Ohashi(2003)的观点,即其对岩黄耆属的界定比较符合实际,能够得到分子系统学的支持,并对其属下系统学关系有更进一步的阐述。