我国是银杏的故乡,银杏资源十分丰富。银杏雌雄异株,其雄株在庭园绿化、授粉树配置、叶用栽培及花粉的开发利用中具有特殊的重要位置和作用,迫切需要了解银杏雄株种质资源的遗传结构及其多样性,并进行银杏雄株种质资源的分类研究。本研究连续两年分别调查测定了分布在江苏扬州、泰兴、姜堰等三个银杏主产区的63个雄株个体的栽培历史、生长发育状况、植物学性状、经济学性状,并观察记载了各雄株个体的物候期,于银杏雄株萌芽后30d采集其枝梢先端幼嫩叶片分别采用略加改进的改良CTAB法提取叶片中基因组DNA、PCR扩增、引物筛选,并应用MATLAB对ISSR分子标记结果和各雄株个体的平均单叶面积、SLFW、SLDW等三项指标分别进行基于Nei’s距离和基于欧氏距离的聚类分析,结果表明:1、从100个ISSR引物中筛选得到17个多态性较好的引物,其序列分别为(GA)8C,(GA)8A,(AC)8G,(CT)8GC,(CT)8GG,(CT)8RG,(AC)8SG,(AC)8GA,(AC)8GG,(AC)8YA,(AC)8YG,(AG)8 ST,(TC)8RA,(TC)8YT,(TC)8RT,(CA)8GT,(CA)8AG;2、17个ISSR引物共扩增得到115个清晰位点,片段大小为100~2400bp,每个引物扩增条带3~10条,其中总多态性位点59个,多态性位点百分率(PPB)为48.57%, (AC)8G,(AC)8SG,(AC)8GG的多态性比率则高于75%,雄株个体的多态性位点百分率为32.79%~48. 10%;3、供试银杏雄株总体遗传多样性指数(Hsp%)为18.8461, 63个银杏雄株个体间的Nei’s距离在0.0520~0.3245之间,个体间的遗传相似系数为0.6755~0.9480。应用最长距离法进行系统聚类,取阈值为0.2739时,63个雄株个体可分为2类,个体数分别为23和40;取阈值为0.245时,两个大类又可分为五个亚类,前者又可分别分为包括10个和13个雄株个体的亚类,后者又可分别分为包括8、14和18个雄株个体的亚类。说明本试验条件下银杏雄株具有丰富的遗传多样性、复杂的遗传结构和遗传背景;4、本试验条件下,不同分布地区的供试雄株均匀地分布在两个大类、五个亚类中,说明同一类型的雄株尽管异地分布,但仍表现出亲缘关系较近。其中分布在扬州和泰兴的59棵雄株表现出遗传距离较小,推测两地的供试雄株中有的系采集古银杏雄株的枝穗嫁接繁殖后长成。而姜堰的4棵雄株集中分布于第二类中,亲缘关系较近,说明其可能源自具相同遗传种质的雄株。分布在扬州市的28棵雄株树龄为20～700年,表现出相互间遗传距离差异较大,而200年树龄以上的银杏雄株与其着生距离较近的雄株之间的遗传距离较小,亲缘关系较近,说明扬州市古代不同年代配置的银杏雄株由不同种型的种核繁殖而成,而近代配置的银杏雄株有可能是就地取材、就地嫁接繁殖而成;5、经对扬州市28个供试银杏雄株单独进行基于Nei’s距离的聚类分析,28个银杏雄株个体间的Nei’s距离在0.0520~0.275之间,取阈值为0.25时,28个雄株个体可分为2类,个体数分别为16和12;取阈值为0.243时,两个类群又可分为五个亚类,前者又可分别分为包括4、6和6个雄株个体的亚类,后者又可分别分为包括6和6个雄株个体的亚类;6、扬州市28个供试银杏雄株的平均单叶面积、SLFW、SLDW的变异系数分别为17.71%、15.99%和17.62%,经对其进行基于欧氏距离的聚类分析,28个银杏雄株个体间的欧氏距离在0.08~24.5之间,取阈值为24时,28个雄株个体可分为2类,个体数分别为15和13;取阈值为16时,每一类又可分为2个亚类,共4个亚类,前者又可分别分为包括2个和13个雄株个体的亚类,后者又可分别分为包括2个和11个雄株个体的亚类;7、经对ISSR分子标记结果和平均单叶面积、SLFW、SLDW等测定结果的聚类分析结果比较分析,扬州市28个供试银杏雄株种质资源的ISSR标记结果与营养生长的相关指标的聚类分析结果不尽一致,说明银杏雄株植物学和经济学性状既是遗传基因的表达结果,也是环境条件、繁殖方式、植株年龄、营养水平、发育阶段等因素综合影响的结果;8、本研究中ISSR标记的快速、简便、可靠、多态性高等特点得到充分运用,ISSR分子标记技术适用于银杏雄株种质资源的系统分类,ISSR分子标记和聚类分析的结果为进一步扩大银杏雄株取样范围,并结合银杏雄株开发利用所需的质量性状和数量性状进行分类和命名提供了理论依据和技术支撑。