随着经济社会的飞速发展，湖泊富营养化问题日益严重，已经成为了全球性的环境问题，湖泊生态系统的服务功能严重退化。浮游生物及底栖动物作为重要的功能类群，在湖泊生态系统物质循环和能量流动中起着重要的作用。本文以巢湖为研究对象，系统研究了浮游生物及底栖动物群落结构的时间空间分布格局，进一步研究了浮游生物及底栖动物群落结构与环境因子之间的关系。该研究为控制湖泊水体富营养化的治理和生态建模等提供了重要的理论依据。具体的研究结果如下：（1）巢湖四次调查共采集到6门27科56属118种。从种类组成的季节性动态上看，温度较高的6月份与9月份，种类均较为多样，而温度较低的12月份与3月份，则种类组成的多样性均有大幅度降低；从浮游植物生物密度的季节性动态上看，温度较高的9月份的平均生物密度达最大，为34.20±8.88（×107）ind./m2，而温度较低的12月份的平均生物密度最小，为13.74±7.44（×107）ind./m2，不及9月份的一半。经ANOVA分析，浮游植物平均生物密度的季节性变化显著（F0.05(3,60)=2.81，P<0.05），经Duncan法多重比较后发现，6月份与9月份间无显著差异，12月份与3月份间无显著差异，但温度较高的6月和9月与温度较低的12月份和3月份间存在显著差异（2）巢湖四次调查共采集到共记录3门5纲8科20属23种。其优势种为菱跗摇蚊、小摇蚊、霍甫水丝蚓、长足摇蚊、正颤蚓、苏氏尾鳃蚓和铜锈环棱螺，东部湖区和西部湖区的优势种差异显著，东部湖区主要以菱跗摇蚊和小摇蚊占优势，西部湖区主要以耐污性更强的霍甫水丝蚓、正颤蚓和长足摇蚊占优势，西部湖区底栖动物的总密度明显高于东部湖区。巢湖底栖动物物种数目明显较少，巢湖仅1种，推断巢湖大型水生植物的消失是造成底栖动物物种数目锐减的重要原因。（3）巢湖四次调查共采集到共记录到轮虫9科13属24种，浮游甲壳动物2亚纲4目11科22属32种。从种类组成的季节性动态上看，夏季和秋季种类均较为多样，而温度较低的12月份与3月份，则种类组成的多样性均有明显降低；从浮游动物生物密度的季节性动态上看，轮虫在温度最高的6月份的平均生物密度最大，为975±298.5ind./l，而温度较低的3月份的平均生物密度最小，为123.5±54.5ind./l，不及9月份的五分之一。浮游甲壳动物在9月份平均生物密度最高，为0.447±0.279ind./l，而温度较低3月份的平均生物密度最小，分别为0.016±0.006ind./l，。生物经ANOVA分析，轮虫和浮游甲壳动物的平均生物密度的季节性变化均显著（P<0.05），经Duncan法多重比较后发现，轮虫生物密度在6月份与12月份间无显著差异，9月份与3月份间无显著差异，但6月和12月与9月份和3月份间存在显著差异；浮游甲壳动物生物密度在6月份与9月份间无显著差异，12月份与3月份间无显著差异，但温度较高的6月和9月以及3月份与其他月份间存在显著差异。