近年来，用于系统分类研究的最有力的工具就是基于16SrRNA基因序列的系统发育分析及其二级结构研究，据此，本论文主要包括这两方面的内容。 　　论文一方面对生物信息学进行了简要的介绍，列举了一些常用的网络生物信息资源，重点介绍了基于16SrRNA基因序列进行的系统发育分析和系统发育树的构建方法、原理、过程、评估以及相关应用软件，并以NJ进化树的构建为例详细描述了其中几种分析软件(主要包括序列比对软件ClustalX和进化树构建软件Mega、Treecon和PHYLIP)的使用方法和操作过程，对于几种软件构建的NJ进化树进行了比较分析，最后对系统发育树的构建提出了几点建议。另一方面主要是关于16SrRNA二级结构的预测及其分类学意义的探讨。文中解释了16SrRNA二级结构的概念及各结构单元名称，简要论述了二级结构预测的意义和目的，回顾了16SrRNA二级结构的提出与发展过程，综述了其结构特点和补偿突变进化模型等方面的研究进展，比较详细地说明了其预测原理、方法和软件，以及具体的操作步骤，并对本室新近发现并在国际权威刊物上正式发表的姜氏菌属——Jiangella及相关菌株的16SrRNA的9个可变区进行了二级结构预测和分析比较，试图通过二级结构特征比较对它们进行区分，最终目的在于将二级结构预测分析用于系统分类学研究。此外，文中还探讨了16SrRNA扩增和测序引物的分析评价以及特征性核苷酸的分析方法。