自主创新已上升为我国国家战略，提高自主创新能力，优化科技资源配置是其关键。我国科技资源配置效率较低，提升区域科技资源配置效率对于促进区域自主创新具有重要意义。为此，本文在区域科技资源配置与自主创新关系检验的基础上，分析面向自主创新的区域科技资源配置机理与模式，构建面向自主创新的区域科技资源配置效率评价模型，为我国区域科技资源的优化配置提供决策借鉴。首先，论文分析了我国区域自主创新和区域科技资源配置的现状与问题。在明晰区域自主创新内涵与能力构成以及区域科技资源配置内涵、功能与特征基础上，对我国各区域自主创新投入能力、环境能力、产出能力、潜在能力和科技资源投入、环境与产出进行现状分析，发现我国区域科技资源配置存在部分区域科技资源配置效率较低、区域科技资源配置结构有待优化、区域科技资源配置的公平程度有待提高、区域科技资源配置与相关系统的协同力有待提升等问题。其次，论文检验了区域科技资源配置与自主创新的关系。在区域科技资源配置与区域自主创新关系分析基础上提出假设并建立模型，采用典型相关分析方法进行2009年我国31省市科技资源配置与自主创新的相关关系检验，证明区域科技资源配置能有效促进区域自主创新能力的提升。再次，论文构建了面向自主创新的区域科技资源配置效率评价模型并进行了实证研究。在界定面向自主创新的科技资源配置效率及其评价的内涵的基础上，分析区域科技资源配置效率评价的功能与原则，构建区域科技资源配置效率评价模型，设计指标体系，选择融合传统DEA、改进DEA和复合DEA的DEA方法组合，以2009年我国31省市的科技资源配置效率为对象进行评价的实证分析，得出我国未来可从优化科技资源配置环境和提高科技资源产出能力两方面进一步提升科技资源配置效率的结论。其后，论文剖析了面向自主创新的区域科技资源优化配置机理。面向自主创新的区域科技资源优化配置机理包括区域科技资源配置与区域自主创新的耦合机理、区域科技资源优化配置促进区域自主创新的机理和面向自主创新的区域科技资源优化配置实现机理。区域科技资源配置与区域自主创新的耦合机理包括目标、要素、过程和机制等四方面的耦合关系，区域科技资源优化配置促进自主创新的机理分别为区域科技资源配置促进原始创新、集成创新和消化吸收再创新，面向自主创新的区域科技资源优化配置的实现机理分为公共选择机理和经济学内在机理。进而，论文研究了面向自主创新的区域科技资源优化配置模式。从创新主体和科技资源类型两方面提出区域科技资源优化配置模式的分析维度，对区域科技资源优化配置模式进行分类，并构建区域科技资源优化配置模式模型，进而从政府主导模式、企业驱动模式、研究机构驱动模式等方面研究区域科技资源优化配置的单一驱动模式，从产-学-研模式、经费-人才-技术模式、专利-工艺-服务模式等方面研究区域科技资源优化配置的联合驱动模式，从主体协同模式、资源协同模式和产业技术联盟模式等方面研究区域科技资源优化配置的协同模式。最后，论文提出了面向自主创新的区域科技资源优化配置对策。从促进面向自主创新的区域科技资源配置的组织协同、促进区域科技资源配置与自主创新一体化的制度协同、促进基于政府与市场相结合的科技资源优化配置的机制协同、打造提升区域科技资源配置效率的环境支撑体系等方面提出了面向自主创新的区域科技资源优化配置对策。