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本研究以遗传差异较大的两个中国甜瓜地方品种的自交系4G21(属于东亚薄皮甜瓜次级起源中心)和3A832(属于西亚厚皮甜瓜次级起源中心)为作图亲本，以杂交组合4G21/3A832F2分离群体的114个单株为作图群体，利用SRAP(相关序列扩增多态性)标记技术构建甜瓜分子遗传图谱。
甜瓜作图亲本的多态性研究表明：在184个SRAP引物组合中有176个扩增出多态性条带，不同引物组合扩增的多态性条带的变异幅度在1～15之间，共扩增出614个，平均每个引物组合扩增出3.34个，说明SRAP标记对甜瓜作图亲本多态性分析具有较高的效率。
在作图亲本上29对引物组合共扩增出187个多态性标记位点；每个引物组合扩增的多态性标记位点数量的变异幅度在1～15之间；平均每对引物组合产生6.45个多态性标记位点；在187个标记位点中，96个来自于母本，占总数的48.7﹪，91个来自于父本，占总数的51.3﹪，多态性位点在两个作图亲本上的分布比例接近1∶1，说明多态性位点在两个作图亲本上的分布相对比较均衡。
对187个SRAP标记位点进行连锁遗传分析，构建了由152个位点组成12个连锁群的甜瓜分子遗传图谱，该图谱长2077.1cM，覆盖基因长度约63.9～91.2﹪，平均图距13.67cM。每个连锁群的标记数在6～32个之间，平均图距在9.72～19.19cM之间，连锁群长度在85.3～469.1cM范围内。连锁群上有7个(4.6﹪)分子标记位点出现偏分离，并在统计上达到显著或极显著水平。
该图谱是国内构建的第一张甜瓜分子遗传图谱，将为重要园艺性状基因定位、分子标记辅助育种、图位克隆和比较基因组学等研究提供重要的基础资料。