科技企业孵化器被定义为一种社会服务组织,经过了二十多年的发展,其组织方式正发生着变化,孵化器呈现市场化、企业化、专业化和网络化发展的趋势,也已出现对科技企业孵化器运作模式的进行相关研究的文章。无论是以事业单位形式存在的孵化器还是以公司制形式存在的孵化器,政府都扮演着重要的角色。事业单位类型的孵化器政府作为主要的投资者,作用不言而喻；公司制形式存在的孵化器政府同样发挥着重要的作用,它更需要政府创建良好的制度环境和社会环境,市场化从来都是以良好的制度环境作为保障的,政府行为的不缺位和不越位是孵化器良好发展的保证。现有文献对于安徽省科技企业孵化器运行模式的运行效率进行定量评价的不多,而且,对政府参与孵化器的方式和力度的研究不够充分,可见,深入研究安徽省科技企业孵化器的运行模式,对于完善安徽省孵化器的发展十分必要。首先,本文在分析我国科技企业孵化器发展状况以及在对科技企业孵化器运行模式的内涵加以界定的基础上,把现存的科技企业孵化器运行模式分为三种典型的类型,分别是政府主导的事业型、政府主导的公司制和民间资本主导的公司制。其次,深入分析研究安徽省科技企业孵化器的运行模式。在对安徽省科技企业孵化器发展现状进行阐述之后,运用数据包络分析法(DEA)对安徽孵化器运行模式进行绩效评价,并横向比较鄂沪皖国家级科技企业孵化器的运行模式,运用数据包络分析法定量评价其运行绩效,从中找出差距和值得学习借鉴的地方。再次,分析安徽省孵化器运行效率偏低的原因。在对客观原因作分析之后,对政府参与方式层面的作用加以剖析,通过对武汉、上海的科技企业孵化器的创建和运行的研究并结合省内孵化器进行的实地调研,比较分析安徽省政府参与方式和力度,找出制约我省科技企业孵化器进一步发展的深层次原因。最后,结合第三部分对安徽省科技企业孵化器的运行模式深入分析和第四部分对安徽省孵化器运行效率偏低原因的分析,提出加强安徽省孵化器建设的建议。