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自然界中存在着不计其数的动物、植物、微生物等，其中微生物是一个十分重要的组成部分，真菌又是微生物中一个不可或缺的部分。本文研究的曲霉属(Aspergillus)和木霉属（Trichoderma）是真菌中的两大类。对于曲霉属真菌的研究表明，该属真菌能产生多种具有新颖独特结构及良好活性的次生代谢产物；木霉属，是一类重要的生物防治的资源，现在它的次生代谢产物也吸引了研究者们广泛的兴趣。尤其是对于从内生真菌中寻找新的具有良好生物活性的次生代谢产物研究更是如火如荼。并且研究者们不再局限于在一种特定条件下，而是根据OSMAC策略，在不同发酵培养条件下进行真菌次生代谢产物的研究。 本论文对从长江滩涂中分离得到的真菌黄柄曲霉(Aspergillus flavipes)在 OSMAC策略引导下的液体发酵培养条件下以及从云南三七根部中分离得到的真菌深绿木霉（Trichoderma atroviride）的次生代谢产物进行研究。主要包括对两株真菌的发酵培养、提取、分离、纯化、结构鉴定甚至药理活性的筛选进行的研究。最后通过正相硅胶柱色谱、凝胶柱色谱（Sephadex LH-20）、反相ODS柱色谱以及高效液相色谱（HPLC）等分离纯化技术，同时又通过一维以及二维核磁共振波谱分析、高分辨质谱数据分析、紫外光谱分析、红外光谱分析、ECD计算分析、比对参考文献等方法，分别从黄柄曲霉中分离纯化得到并鉴定出结构的有化合物21个，包括5个新化合物（3个asperchalasines类，2个aspochalasin类）和16个已知的化合物；并对其中部分化合物进行了一个初步的细胞毒药理活性的筛选，并且化合物4和化合物6具有一定的细胞毒活性，尤其是Jurkat细胞系毒理活性，化合物4对Jurkat细胞系的IC50值为10.5μM，化合物6为9.6μM。而从深绿木霉中分离纯化得到并鉴定出结构的化合物有14个化合物，其中包含2个新化合物（1个倍半萜，1个cyclopentenones），12个已知化合物。