非正常航班是制约我国民航业安全、快速、可持续发展的重要因素之一。非正常航班伴随着我国民航业的发展而增多。面对日益严重的航班运行环境，航空公司急需要一种决策支持系统来辅助签派员对非正常航班进行科学合理的决策。从而提高航空公司的安全性、竞争力。影响航班正常性的因素有很多：如特殊天气条件、空管流量控制、飞机故障等等。由于航空公司运力、人力资源的限制，以及非正常航班给航班运行带来的安全隐患，使得签派员在应对非正常航班时的选择不多而且决策效果不好。如何在可进行的决策中选择最优的方案。使得签派员能够快速、有效的解决非正常航班带来的问题，这就对签派员提出了更高的要求。文章基于决策支持理论的非正常航班动态控制研究，通过对航空公司大量的非正常航班的数据归纳整理，分析非正常航班的原因，影响程度。通过理论学习、航空公司调研建立签派员非正常航班决策能力评估指标体系、非正常航班决策成本评估系统、非正常航班决策评估体系。运用MATLAB对数据进行运算处理得出结果。并运用JAVA算法实现非正常航班的成本评估模型。基于决策支持理论的非正常航班动态控制研究为非正常航班的管理提供了新的思路，为签派员对非正常航班的决策提供了理论依据，从不同的角度辅助运行控制人员进行决策印证，具有较强的理论性和实用性。