农业经济的增长,一方面需要劳动、土地等生产要素的持续投入,另一方面取决于农业生产率的增长。但是,有限的耕地资源与环境压力的约束,决定了我国农业的可持续发展不可能依赖于资源要素的持续大量投入,因此,农业全要素生产率的提高成为了实现我国农业可持续健康发展的必然之路。本文以重庆市为例,采用农作物总播种面积、乡村从业人员、化肥、农药四个变量作为投入指标,以农林牧渔业中的农业总产值作为产出指标,并采用2005年到2015年的数据,对重庆市农业全要素生产率进行了测算,并对各区县农业全要素生产率进行了比较,选择财政支农支出、产业结构、交通设施建设、对外开放程度4个变量对重庆市农业全要素生产率影响因素进行分析。在此基础上,并采用σ收敛、绝对β收敛、条件β收敛三种方法对重庆市各区县农业全要素生产率的区域差异变化进行分析。研究结果表明:(1)重庆市农业全要素生产率整体在波动中呈现上升的趋势。最高值是2007年的1.142,最小值则是2006年的0.944。在15个年份中,只有2004年和2006年两个年份全要素生产率是下降的,其他年份重庆市农业全要素生产率都是处于增长的状态。2001年到2015年,年均增长了 4.78%。从各区县的比较来看,重庆市各区县农业全要素生产率存在着明显的空间差异,越靠近核心都市区,农业全要素生产率越高。(2)财政支农支出的增加、第二产业的发展以及交通基础设施建设水平的提高都能够显著的促进农业全要素生产率的增长。对外开放水平变量虽然对农业全要素生产率产生正向影响,但是未能通过显著性检验。(3)重庆市各区县农业全要素生产率在样本期间未能表现出σ收敛,也不存在绝对β收敛,但是都市经济发达圈和三峡库区生态经济区出现了绝对β收敛和条件β收敛,一定程度上存在着俱乐部趋同现象。最后,结合本文实证研究结果以及重庆市实际情况,从重视农业全要素生产率在农业经济增长中的作用、加强农村基础设施建设、提高落后区县农村从业人员技术水平、促进农业产业化水平提升、推动重庆市农业前沿科学技术进步五个方面提出了促进重庆市农业全要素生产率整体提升的对策建议。