中国沿海所产鱼类不下1500种,十之八九都是有经济价值的。带鱼(Trichiurus haumela)因其分布广、个体大、产量高而成为我国海产四大经济鱼类(黄花鱼类、鳓鱼类、带鱼类和鲐鲅鱼类)中非常重要的成员。带鱼广泛分布于全世界的温暖水域,我国东海,黄、渤海,南海和北部湾均产。但是,近年来由于过度捕捞、海洋污染以及海洋生态系统恶化,带鱼产量明显下降,更重要的是导致带鱼群体的遗传多样性降低。牙鲆(Paralichthys olivaceus)是我国北方海水鱼类养殖业的主导,随着牙鲆人工养殖业的迅速发展,苗种需求量逐年增大。近年来,由于长期的人工选择和育种,致使牙鲆群体的遗传结构水平有所下降。分子标记技术为直接从DNA水平上认识生物个体遗传差异提供了强有力的工具,尤其是微卫星DNA分子标记技术,具有多态性检出率高、信息含量大、共显性标记、实验操作简单、结果稳定可靠等优点,已经成为种群遗传学研究中被广泛应用的分子遗传标记。本文主要进行了三方面的工作,一是带鱼多态微卫星标记的开发；二是利用SSR标记进行牙鲆亲本遗传距离与后代生长速度相关性分析；三是利用SSR标记进行牙鲆家系鉴定和亲子关系分析。主要研究结果如下：1.带鱼多态微卫星标记的开发采用FIASCO (fast isolation by AFLP of sequences containing repeats)方法构建了带鱼GT重复微卫星富集文库,通过克隆、测序得到68条序列含有微卫星重复序列,成功设计了36对微卫星引物,最终获得12个多态的微卫星位点。这将为带鱼的群体遗传结构、遗传多样性等遗传特性进一步的研究奠定基础。2.利用SSR标记进行牙鲆亲本遗传距离与后代生长速度相关性分析采用微卫星技术,选用21个多态性微卫星分子标记分析了牙鲆亲鱼群体(32尾)的遗传多样性,并计算亲本间的遗传距离,利用SPSS软件对牙鲆亲本遗传距离与后代生长速度的相关性进行分析。结果表明,该亲鱼群体平均观测杂合度(Ho)为0.6931,平均期望杂合度(He)为0.6784,平均多态信息含量(PIC)为0.6237。说明该亲鱼群体的遗传多样性水平比较高,对环境变化的适应能力较强,具有较高的选育潜力。研究发现,亲本间遗传距离分布在0.2578～0.9773范围之间,其中,在0.2578～0.5958范围内,亲本间遗传距离与后代生长速度呈显著的正相关(P<0.05)；在0.6099～0.6604范围内,亲本间遗传距离与后代生长速度之间没有表现出显著的相关性；在0.6640～0.9773范围内,亲本间遗传距离与后代生长速度呈显著的负相关(P<0.05)。这将对培育生长速度快的牙鲆养殖品种,提高牙鲆养殖产品质量和经济效益具有重要的意义。3.利用SSR标记进行牙鲆家系鉴定和亲子关系分析利用8个高质量的微卫星DNA标记,对来源于9个家系(2007年建立)的180尾牙鲆个体进行了家系鉴定和亲子关系分析,同时分析了所用微卫星标记数目对牙鲆家系鉴定准确率的影响。结果表明：(1)子代群体与亲本群体相比,每个位点扩增的等位基因数减少了13.9%,Nei’s期望杂合度(1973)也有所减少(子代He=0.7702,亲本He=0.8044)。(2)9个家系共发现了14个家系特异等位基因：39#,61#和69#家系各有1个特异等位基因,36#和68#家系各有2个特异等位基因,47#家系发现了3个特异等位基因,82#家系发现了4个特异等位基因。(3)亲子关系分析为180尾后代中的148尾成功地找到了其“真实”的父母,同时表明,利用4个微卫星标记可以鉴定95%的后裔,5个标记则可以鉴定97%的后裔。表明微卫星分子标记可以作为牙鲆选择育种过程中获得系谱信息和确定亲子关系的一种有效方法。