在现代畜牧业发展中,饲料效率的提升对于经济效益以及环境保护具有重要的意义。肠道作为机体消化吸收所摄入营养物质的场所,对宿主饲料效率具有重要的影响作用。肠道的健康和生物功能受到定植的肠道微生物以及其代谢物的影响,肠道微生物的组成结构受到日粮,环境,年龄以及遗传背景的影响,肠道微生物的代谢物会调节机体的生命活动,二者相互作用紧密联系。本研究通过转录组学和代谢组学技术探究肝脏,肌肉组织的差异表达基因以及肠道微生物的差异代谢物两者与猪饲料效率之间的联系。本研究使用相同日粮配方以及在同等饲喂环境下对长白母猪进行饲养实验,按照饲料效率的差异进行分组,屠宰取样。对肝脏和肌肉组织进行转录组测序,筛选测序结果中的6个差异表达基因进行qPCR验证,证明了转录组测序结果的可靠性。转录组测序结果分别发现肝脏937个差异表达基因,肌肉266个差异表达基因,功能注释结果表明在肝脏组织中差异表达基因主要与营养代谢和细胞分化和酶活性有关,而在肌肉组织中主要与调节生物过程和酶活性。利用GC-MS技术对高低饲料效率长白母猪结肠进行非靶向代谢组研究,发现9种差异代谢物。在这9种代谢物中,有6种代谢物与饲料效率呈正相关倾向,包括四十烷、棕榈油酸、亚麻酸和2-茚酮,而3种代谢物表现出与饲料效率呈负相关倾向,包括3-（3-羟基苯基）丙酸,与结肠宏基因组联合分析发现不同饲料效率个体肠道微生物组成存在差异并且影响影响宿主代谢。结合多组学实验结果,通过功能注释筛选CYP1A2,ACAA2和ANGPTL4为可能的候选基因。