牙鲆生长性状QTL定位及其遗传效应分析

来源 :上海海洋大学 | 被引量 : 3次 | 上传用户:q496712523
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本研究从用牙鲆(Paralichthys olivaceus)日本群体和韩国群体杂交建立的33个牙鲆家系中选取双亲及子代生长性状有明显差异的16个家系,并用8对在其它家系中呈现多态的微卫星对这16对亲本检测,选取分离情况最优的1号家系的92个F1个体作为本次试验的分离群体。测量了分离群体的全长、体重、体高三个生长性状,全长性状的值介于19.3-28.0cm,平均值+标准差为23.67+2.12cm;体重性状的值介于30.2-207.0g,平均值+标准差为118.29+37.89g;体高性状的值介于6.4-10.0cm,平均值+标准差为8.36+0.87cm。并对数据进行正态检验、相关性分析和主成分分析处理,结果显示全长偏离正态分布,体重和体高性状符合正态分布;三个性状之间两两存在极显著相关,Pearson相关系数从0.810-0.880;最终得到一组可解释三个性状的89.592%特征的数据,命名为牙鲆生长性状GT。400个微卫星经过多态性筛选、PCR扩增样本后,取带型清晰的微卫星标记共221个用于连锁图谱构建。利用Joinmap4.0软件对所有分离的微卫星标记进行连锁分析和构建连锁图谱,雌性图谱中,共178个微卫星标记定位到22个连锁群上,其中包含一个三联体。雌性图谱观察总长度为(Goa)599.0cM,平均距离为(s)3.84cM。连锁群上的标记数为3-16个,单条连锁群的图距为6.1-59.5cM。图谱的预期长度为(Ge)785.4cM,总的图谱覆盖率(Coa)达76.27%。雄性图谱中,共194个微卫星标记定位到23个连锁群上,其中包含一个三联体。雄性图谱观测总长度(Goa)为693.4cM,平均距离为(s)4.05cM。连锁群上的标记数为316个,单条连锁群的图距为9.657.2cM。图谱的预期长度(Ge)为879.7cM,总的图谱覆盖率达(Coa)78.82%。用WinQTLCart2.5软件的复合区间作图在已构建的遗传连锁图谱上对牙鲆生长性状GT进行QTL定位,取LOD经验值2.5为QTL存在的阈值;对微卫星标记进行性状-标记之间的回归分析。本研究共定位3个与牙鲆生长性状GT相关的QTLs,qGT-f4qGT-m20qGT-f20,可解释表型变异率分别为27.60%,13.74%,10.27%。在性状-标记之间的回归分析中,得到22个与生长性状GT相关(p<0.05)的微卫星标记,单个标记可解释表型变异率介于3.70%-10.42%之间,其中6个微卫星标记scaffold55851720、scaffold55826183、scaffold90369232、scaffold48547120、scaffold126277386、scaffold80965154与生长性状GT之间呈极显著相关(p<0.01),可解释表型变异率分别为10.42%、7.31%、10.07%、10.07%、8.39%、11.26%。本研究是首次牙鲆生长性状QTL定位的研究,研究得到3个与生长性状相关的QTLs和6个与生长性状相关的微卫星标记,为今后牙鲆的QTL定位的研究提供了借鉴,也为牙鲆快速生长良种选育奠定了一定基础。为进一步实现QTL的精细定位,今后的工作是建立牙鲆的永久作图群体,加大图谱的密度来缩小QTL在连锁群上的区域,用多种生长环境、不同时期的材料,来进行多方位的QTL定位。
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