暗纹东方鲀（Takifugu fasciatus）是一种北温带暖水洄游性经济鱼类,目前该鱼主要依靠人工繁育种群来填补市场需求。但由于长时间驯养,其人工繁育种群出现近亲繁殖,生长速度减缓;此外,冬季寒潮侵袭也会给暗纹东方鲀养殖业造成严重损失。本文从分子辅助育种角度出发,克隆了暗纹东方鲀与生长和耐寒性能3个相关基因,血清素受体4（HTR4）、转化生长因子β1（TGF-β1）和冷诱导结合蛋白（CIRP）,并分别分析了其结构功能与表达特征,在此基础上开发出生长和耐寒性相关的SNP位点。这些结果有望为暗纹东方鲀分子辅助育种提供一定的理论依据,也为该鱼良种选育提供基础资料。主要研究结果如下:1.暗纹东方鲀HTR4、TGF-β1和CIRP基因的克隆与分子特征分析以RACE技术克隆了暗纹东方鲀HTR4、TGF-β1和CIRP 3个基因,其中暗纹东方鲀HTR4 c DNA全长序列共2302 bp,其中5’UTR 662 bp,3’UTR 470bp,开放阅读框（ORF）1170 bp,产物分子量为43392.36,理论等电点为9.31,理论分子式为C₁₉₅₇H₃₀₈₇N₅₂₇O₅₁₇S₃₅;TGF-β1 c DNA全长序列共2217 bp,包含5’UTR 51 bp,3’UTR 1014 bp,ORF 1152 bp,产物分子量为44233.70,理论等电点为8.34,理论分子式为C₁₉₅₇H₃₀₈₉N₅₃₁O₅₈₈S₂₄;CIRP c DNA全长序列共775 bp,包含5’UTR 106 bp,3’UTR 144 bp,ORF 525 bp,产物分子量为18926.32,理论等电点为9.00,理论分子式为C₈₀₁H₁₂₂₆N₂₅₄O₂₇₄S₄。HTR4 ORF中端有一段约288 AA（氨基酸,amino acid）的类视紫红质受体蛋白结构域,末端371～385 AA部分存在低复杂度区（LCR）;TGF-β1 ORF前端有一段约237 AA的TGF-β1前肽结构域,序列末端有一段97 AA的TGF-β1结构域;CIRP ORF前端有一段约74 AA的古老保守RNA识别基序,93～122 AA和126～152 AA之间存在着两段LCR。多序列比对发现3个基因序列均与同属鱼类红鳍东方鲀的最为相似。2.暗纹东方鲀HTR4、TGF-β1和CIRP基因的组织表达特征分析暗纹东方鲀发育周期可根据性腺发育状态被划分为5个发育时期（I期、II期、III期、IV期和V期）。应用q RT-PCR技术分别检测了暗纹东方鲀5个发育时期的8种不同组织（心脏、肝脏、脑、脾脏、肾脏、肌肉、中肠、鳃）3个基因的相对表达量。结果显示HTR4基因在8种不同组织均有表达,在脑与中肠的表达量显著高于其它组织的表达量,且具有在各组织“I期相对表达量高,II期稍有下降,下降趋势至III期时停止,IV期相对表达量回升,V期降至全时期最低”的时序分布特征;TGF-β1基因在暗纹东方鲀8种不同组织都有表达,肾脏表达量最高,心脏表达量次之,在各组织具有“先下降后上升”的时序分布特征;CIRP基因在暗纹东方鲀8种不同组织都有表达,5个时期中,脑CIRP相对表达量显著高于其它所有组织,于第V期达到最高,并在II、III期时降至最低,在第III期肾脏的CIRP相对表达量为全时期各组织最低,其余各时期各组织间差异不显著。3.暗纹东方鲀HTR4、TGF-β1和CIRP的SNP位点开发通过直接PCR扩增法对HTR4、TGF-β1和CIRP进行多片段比对,在3个基因上各发现一个有效SNP位点。结果显示:HTR4上的SNP c.1202 C>G位点与暗纹东方鲀肥满度显著相关,CC型个体肥满度优于同时期其它基因型个体;TGF-β1上的SNP g.3908 C>A位点与暗纹东方鲀多项生长性状有关,CC型个体体宽、肥满度较高,体高、头长、体长较短;CIRP上的SNP g.567 A>T位点呈AA型的个体比同时期其它基因型个体耐低温性能提升了6.67%。