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近年来，随着我国经济步入新常态，技术创新已成为企业持续发展和拥有竞争力的关键，企业技术创新投入力度持续加大。然而，在技术创新资源稀缺的背景下，社会对技术创新的关注焦点从早期的单纯关注创新投入力度，逐渐转向创新投入产出效率，尤其是对研发成果产业化的关注，技术创新成本效率也就成为学术研究的重点。医药制造业不仅是技术密集型行业，也是我国政府大力发展与扶持的行业，因此，对其技术创新成本效率进行研究具有重要的理论价值和实践意义。 本文选取2011-2015年在我国沪深两市上市的医药制造业上市公司为样本，采用随机前沿分析方法，构建技术开发和成果转化两阶段投入产出模型，分别对我国医药制造业技术开发阶段和成果转化阶段的创新成本效率及其影响因素进行了研究。结果发现，2011-2015年间，我国医药制造业上市公司技术开发阶段的成本效率年平均值为0.437，成果转化阶段的创新效率年平均值为0.516，成果转化阶段的效率值略高于技术开发阶段；技术开发阶段成本效率的离散系数为0.7721，远远高于成果转化阶段的0.3466，表明不同上市公司之间在技术开发阶段的成本效率水平差别较大；动态地看，无论是技术开发阶段还是成果转化阶段，成本效率在2011-2015年间，呈不断提高趋势；从公司所在板块看，主板上市公司技术开发阶段平均效率值高于成果转化阶段，中小板和创业板上司公司则是技术开发阶段平均效率值小于成果转化阶段；从公司所在的区域看，华北、华东地区的技术开发阶段成本效率值低于成果转化阶段，华南地区和西南地区两阶段效率值基本相同，而东北、华中和西南地区的技术开发阶段要高于成果转化阶段。本文进一步将样本公司分为高技术开发高成果转化、低技术开发高成果转化、高技术开发低成果转化和低技术开发低成果转化四类，发现有59家公司属于“双低”企业。最后，文章对造成成本效率值低下的原因做了进一步分析，并针对技术开发和成果转化两个阶段如何提高创新效率给出了建议。