自劳动合同法设立二倍工资制度以来,二倍工资制度的理解与适用一直分歧不断。近年来,各地根据本省的劳动市场情况制定规范二倍工资纠纷的司法意见,部分司法文件与二倍工资制度的立法初衷相悖,因此,需重点分析二倍工资制度的司法适用难题,探究二倍工资制度的价值正当性及适用技术性,保障劳资关系的和谐稳定。为明晰司法主体对二倍工资相关法律规定解读不一致的主要原因,选取三个典型案例及111个样本案例进行实证研究,分析总结二倍工资制度司法适用的主要分歧点为:未能明确界定二倍工资性质、未能明确适用二倍工资仲裁时效的起算点、未能明确二倍工资适用的归责原则、计算基数以及赔偿期限。理论界对二倍工资性质主要有三种界定,第一种界定为惩罚性赔偿,认为多增加的一倍工资是资方未与劳动者签订劳动合同应承担的法律责任,以第一倍工资为参照标准进行计算;第二种界定为劳动报酬,运用文义解释和体系解释,认为二倍工资也属于“工资”;最后一种界定为赔偿金,认为二倍工资既非劳动者的实际损失,也无法计算资方获取的利益,而由司法主体根据具体情况自由裁量赔偿金额,实际上二倍工资是对劳动者的一种补偿。二倍工资仲裁时效的起算需以二倍工资性质的确定为前提,司法实践中大部分司法主体都认定二倍工资为惩罚性赔偿,据此,二倍工资仲裁时效应以劳动者知道或者应当知道权利受侵害之日进行计算,由于用工关系的复杂多样性,运用主观起算方法计算二倍工资仲裁时效也需要分情况来确定时效的起算时间。二倍工资法律条文未能解决上述争议焦点问题,为完善相应法律法规,对二倍工资制度的完善提出相应建议:明确二倍工资性质为惩罚性赔偿;适用一般仲裁时效相关规定确定起算时间点;明确二倍工资纠纷适用过错推定原则;明确以劳动者离职前一年平均工资为二倍工资计算基数;分情况合理确定二倍工资赔偿期限。