对于高新技术企业来说，并购、重组等已经成为这类企业扩展经营规模，增强核心竞争力，扩大市场份额，化解竞争者的一项战略性决策，其成功与否决定了未来企业的长期发展前景。而并购的核心是被并购企业的价值评估，只有正确的企业价值评估才能够获得目标企业当前资产及未来经营状况的确切信息，才能指导科学的并购决策。在企业价值已经成为企业经营目标的背景下，综合考虑高新技术企业多种资源的不同特点及相关性，构建系统的企业价值评估方法，对于提高我国高新技术企业的价值管理水平，指导科学的企业并购决策，实现并购双方股东收益的最大化具有重要的理论和实践价值。本文首先分析了高新技术企业的本身特点及其并购的特点对企业价值的认定和评估提出的新要求，指出我国以往通常采用的市场法等评估方法一方面忽略了高新技术企业由于大量投资引起的资金成本，另一方面无法对高新技术企业拥有的一些战略性资产在并购中的或有价值进行评估。针对该问题，本文提出了高新企业并购价值评估的综合模型，综合应用了经济增加值（EVA）和实物期权的方法，在进行传统价值评估的同时，还评估了高新技术企业整体的柔性价值。其中，针对高新技术企业发展的阶段性特点，建立了包括发展阶段和稳定阶段的两阶段EVA评估模型，不仅能够考虑企业的权益资本成本，而且能够准确反映企业经营业绩，同时克服会计信息失真对企业价值的影响。实物期权方法采用了B-S期权模型进行定价，重点对企业中的战略性的、不确定性较强、对企业未来价值影响巨大的投资或资产进行评估。最后，本文应用一个真实的高新技术企业并购案例说明了本文所构建模型的计算过程，并分析了模型的适用性。