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基于采用传统的鉴定手段和现代分子生物学技术相结合的方法,对本实验室保存的可用于饲用微生物添加剂的具有高产纤维素酶和淀粉酶的一株PAS38菌株进行综合鉴定,将该菌株制成一定浓度的添加剂给肉鸡灌服一段时间后,检测该株益生菌在体内变化的动态规律和对肠道菌群微生态平衡的调节作用,结果如下:利用16S rDNA分析对该株益生芽孢杆菌进行系统进化鉴定。根据不同种属细菌的16S rDNA序列两端的保守性设计通用引物,提取菌株的基因组DNA,对菌株的16SrDNA的进行PCR扩增,并对扩增到的目标片段进行测序,将测序结果与NCBI上已知菌种的16SrDNA序列进行BLAST对比,初步构建系统进化树进行分析,再结合传统的形态观察及生理生化特性综合鉴定,最终确定芽孢杆菌PAS38为蜡样芽孢杆菌。运用TaqMan探针实时荧光定量PCR,对肉鸡消化道内该芽孢杆菌菌株的消长变化进行实时跟踪检测。按2mL/1kg(10~9CFU/mL)计算,每日早晚各1次,连续3天。之后每天每组开始解剖5只仔鸡采样处理,一直到第9天。结果,灌服菌株PAS38的实验组,第1天至第4天,所有肠段该菌株数量差异极显著提高;第5天开始,除了十二指肠不显著,嗉囊显著,其余肠段都极显著;到第6天,除了盲肠显著和直肠极显著外,其余肠段都不显著;最后第7天～第9天:差异都不显著。结果表明,益生菌PAS38连续灌服3天后能迅速提高肠道内的芽孢杆菌数量,这种状态维持到第4天,随后肠道内的芽孢杆菌数量逐渐恢复到正常水平。采用ERIC-PCR检测停服PAS38菌株后第3天的肠道菌群,通过分析ERIC琼脂糖电泳指纹图谱的相似性指数和聚类图谱,可以看出无论在增加条带的亮度,还是提高多样性方面都所增加,而且同一肠段在一定时期指纹图谱上条带位置相对稳定并呈现一定的规律,在250bp左右的位置和500bp左右的位置分别出现一条比较亮的主带。在PAS38加菌组中出现除盲肠以外,回肠差异极显著,空肠和十二指肠差异显著的现象;肠道总菌群扩增条带数量空肠最多,其次回肠、最后是盲肠和十二指肠:相似性指数提高最多的是空肠段,相比空白对照81%提高了十个百分点达到91%:其次是回肠段,相比空白对照88%提高了六个百分点达到94%;再次是盲肠段,相比空白对照83%提高了三个百分点达到86%;提高最少的也是十二指肠段,相比空白对照93%只是提高了两个百分点达到95%。采用PCR-DGGE检测停服PAS38后第3天的肠道菌群显示,各肠段的条带数及特征性条带均明显多于空白对照组,除了嗉囊以外,盲肠、空肠、回肠,直肠和十二指肠等肠段差异显著。嗉囊总菌群相似性指数提高12个百分点达到91%;十二指肠总菌群相似性指数提高6个百分点达到77%;空肠总菌群相似性指数提高23个百分点达到75%;回肠总菌群相似性指数提高6个百分点达到84%;盲肠总菌群相似性指数提高11个百分点达到91%。而对于直肠段总菌群相似性指数下降2个百分点到89%。对DGGE图谱上,出现的特异性单一条带进行回收的鉴定,结果显示有约翰逊氏乳杆菌(Lactobacillus johnsonii)、嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)、链球菌(Streptococcus sp.)、不动杆菌(Acinetobacter sp.)、唾液乳酸杆菌(Lactobacillussalivarius)、罗伊乳酸杆(Lactobacillus reuteri)、鲁菲不动杆菌(Acinetobacter lwoffii)和梭状芽孢杆菌(Clostridium sp)等不同种属的细菌,多数为乳酸杆菌类。值得注意的是,其中罗伊乳酸杆(Lactobacillus reuteri)为灌服PAS38后空肠段出现的优势菌群,结果表明添加芽孢杆菌有利于家禽肠道中的有益菌建立优势种群,调节肠道微生物生态平衡,促进动物机体向健康方向发展。