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广义的虫草属种类繁多，国际真菌名录数据库2011年列出的种名已达534种，目前中国所报道的种类有139种。虫草属种类分类依据传统的形态学分类方法，但虫草类真菌生活史复杂，不同生长阶段存在形态上的差异，实验室条件下很多种类不易存活或者不形成产孢结构，能够生长的种类也不易观察到其有性生殖阶段，造成了虫草有性型与其相应无性型关系的不明确。因而做好虫草资源的调查和分类工作，不能仅仅依靠传统的分类方法。Sung（2007）等利用核糖体大小亚基、EF-1α、RPB1、RPB2、ATP6和β-tubulin等五至七个基因位点对广义的虫草属Cordyceps s. l.和麦角菌科Clavicipitaceae中162个分类群进行了系统的分类研究，结果显示虫草属和麦角菌科都是多系群，于是对虫草属和麦角菌科进行了重新分类。在新的分类系统中，麦角菌科被分为3个单系的科，包括狭义麦角菌科Clavicipitaceae s. str.、线虫草科Ophiocordycipitaceae和虫草科Cordycipitaceae。广义的虫草属也被分为了4个属：狭义虫草属Cordyceps s. str.、鹿虫草属Elaphocordyceps、异虫草属Metacordyceps和线虫草属Ophiocordyceps。本文主要通过多基因分子系统学的方法，对13种虫草的分类地位进行研究，结果如下：沫蝉虫草、粉被虫草和长座虫草等3种已通过多基因分子系统学研究并重新组合的虫草的分类地位得到验证。亚黄蜂虫草、丝虫草、蚁虫草、拟细虫草、球孢虫草和黄棒虫草等六种虫草的形态学分类地位得到多基因分子系统学支持。将台湾虫草归于线虫草属Ophiocordyceps，台湾虫草在新的分类系统种名组合为Ophiocordyceps formosana。莲状虫草、草剃虫草和珊瑚虫草等3种虫草在建立新的分类系统时未进行相关研究。本文通对这3种虫草进行多基因分子系统学研究确认其分类地位:验证了草剃虫草属于异虫草属Metacordyceps的合理性，种名为Metacordycepskusanagiensis。珊瑚虫草属于线虫草属Ophiocordyceps，种名订正为Ophiocordyceps martialis。莲状虫草属于虫草科Cordycipitaceae，但不属于以广义虫草属四个分属中的任何一个，与狭义虫草属Cordyceps s. str.的亲缘关系较近，其分类地位有待继续研究，种名暂不修改，仍为Cordyceps nelumboides。其分类地位归于广义的虫草属。