目的：通过观察巧克力囊肿患者经腹腔镜术前、术后联合中药治疗与单纯行腹腔镜术后异位内膜中Foxp3因子的阳性表达、临床症状及中医证候的改善情况,初步探讨中药对子宫内膜异位症的治疗机理,以求多方面为中医治疗本病提供理论思路,为中西医结合治疗内异症供给更多客观科学依据,为内异症患者提供更加规范标准的方案,从而使得中医药治疗内异症的成效全面提高。方法：以随机对照原则,按1：1的比例,将研究对象,即2014年12月至2015年10月入住江苏省中医院的被确诊为巧克力囊肿的40例患者分为两组。实验组于术前3个月及术后6个月连续服用中药内异停,月经期停药；对照组只进行腹腔镜微创治疗。术前及术后分别对两组患者进行安全性、疗效性指标观察及特殊指标的比较,统计分析两组患者术中异位内膜Foxp3因子表达情况及临床症状、中医证候、复发率及一般资料之间的差异。结果：两组各20例,无脱落病例。两组一般情况比较,差异不显著(P>0.05);术后6个月两组的①异位内膜Foxp3阳性表达情况比较,P=0.003<0.05,差异显著；②中医症候评分比较,治疗指数比较,CA125水平比较,以及复发率比较,P值均<0.05,差异显著,有统计学意义。结论：1.内异停方对患者异位内膜上Foxp3因子的表达具有抑制作用,实验组与对照组差异显著,效果确切。2.内异停方能有效改善患者相关临床症状,减轻痛经、月经紊乱等痛苦,减少复发率。