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本文以3种国内常见的星虫为研究对象，力图应用线粒体16SrRNA，COI和Cyt-b基因序列数据，对其基因序列的差异性进行初步分析，以期从遗传背景上阐述其进化关系，为今后科学评价现有分类体系积累工作和提供依据。本文得到的结论如下：
1．研究结果表明，线粒体16SrRNA基因序列适用于星虫种间系统发育关系的确定。线粒体COI和Cyt-b基因序列适用于星虫种以上较高阶元水平系统发育的验证。
2．3种星虫线粒体16SrRNA的A+T含量平均为58.3％，G+C含量平均为41.7％；COI的A+T含量平均为56.9％，G+C含量平均为43.1％。Cyt-b的A+T含量平均为59.5％，G+C含量平均为40.5％。
3．3种星虫线粒体16SrRNA，COI和Cyt-b基因序列种间遗传距离和进化树结果均表明：裸体方格星虫、澳洲管体星虫、可口革囊星虫种问亲缘关系十分清晰，支持传统星虫形态学分类结果。
4．分析基于16SrRNA、COI和Cyt-b三种基因序列分别构建的分子系统树，并与一些学者的研究结果比照，认为3种星虫与软体动物的分子遗传距离较大，平均0.6009(16SrRNA)、0.5504．(COI)、0.9555(Cyt-b)；与环节动物的分子遗传距离较小，平均为0.4536 (16SrRNA)、0.494．8(COI)、0.85(Cyt-b)，支持在进化地位上星虫类与环节动物亲缘关系相近，而与软体动物亲缘关系较远的观点。