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臭蛙Odorrana是一类生活在山涧溪流环境、体表有臭味的两栖动物,隶属于两栖纲Amphibia无尾目Anura蛙科Ranidae。到目前为止,臭蛙属全球已知有效种为60种,中国记录分布的与38种,是蛙科动物中已知物种数量最多的一个属。臭蛙主要分布在中国的秦岭以南、琉球群岛、东南亚和印度的东北地区,亚洲特有的一个类群。臭蛙属是蛙科动物从真蛙类向水蛙类过渡的重要类群,在进化和适应上具有重要和特殊意义,近年来,揭示臭蛙属的起源及扩散过程已成为进化生物学家关注的问题。然而,有关臭蛙属系统发育的研究,多集中于单个或少数的分子标记,由于分子标记间进化速率的差异以及多态性信息位点不足,臭蛙属物种间的系统发育关系、种组的划分及物种组成仍然存在争议。本研究通过线粒体基因组捕获测序的方法,测定了臭蛙属模式物种绿臭蛙Odorrana margaretae、花臭蛙种组代表物种黄岗臭蛙O.huanggangensis和大绿臭蛙种组代表物种大绿臭蛙O.graminea的线粒体全基因组,并分析了三种臭蛙的线粒体基因组基因组成。通过与其它五种臭蛙属物种线粒体基因组基因排列顺序进行比较分析,探讨了臭蛙属线粒体基因组的排列变化。通过数据收集,获得了新蛙亚目主要代表物种的线粒体基因组序列,基于线粒体基因组构建了不同的数据集,运用贝叶斯法(Bayesian Inference)、最大似然法(Maximum Likeihood)构建了新蛙亚目的系统发育关系,探讨了臭蛙属的起源和系统发育关系。结果表明:(1)绿臭蛙和黄岗臭蛙线粒体基因组全长分别为17903和18671 bp,由37个基因组成,包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因。大绿臭蛙获得15228bp序列,12S rRNA上游的tRNA-Leu基因、tRNA-Thr基因、tRNA-Pro基因、tRNA-Phe基因以及控制区序列未获得。(2)臭蛙属线粒体基因组基因排列顺序发生了重排,臭蛙属8个物种tRNA-His都移到了控制区中,石川臭蛙、黄冈臭蛙和天目臭蛙tRNA-Asn和轻链起始复制区顺序发生了互换,石川臭蛙轻链起始复制区发生了复制。(3)新蛙亚目、蛙科、叉舌蛙科、姬蛙科、树蛙科和曼蛙科以及臭蛙属的单系性得到了强烈支持,曼蛙科和树蛙科互为姐妹群关系,然后与蛙科组成一支,再与叉舌蛙科构成姐妹群关系。臭蛙属中绿臭蛙和务川臭蛙组成一支,位于臭蛙属基部,石川臭蛙随后分化,与花臭蛙种组和大绿臭蛙种组组成的祖先支互为姐妹群关系,然而石川臭蛙的系统发育位置未得到强烈支持。