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封闭群实验兔遗传背景复杂，遗传检测方法尚未建立。传统的遗传标记，如形态标记，细胞学标记，生化标记，由于其本身的缺陷，在封闭群动物质量检测评定上有很大的局限性。随着基因分子生物学发展，分子标记的优势在实验动物遗传质量检测中日益显现。它可以从本质上显示生物个体之间DNA结构差异，直接反应DNA水平上基因多态性。分子标记的挖掘和分子标记库的建立，为实验动物遗传监控提供了更有利的手段。本课题从从线粒体D-loop区多态性及微卫星DNA多态性两个方面开展研究，利用DNA测序，序列比对分析，微卫星分型等方法探究目前我国常用实验兔D-Loop序列特征及遗传结构特点，并筛查微卫星标记。一方面利用微卫星标记对实验兔群体进行遗传多样性分析，另一方面为遗传质量控制标记库建立提供更多稳定可靠的参考标记位点。在线粒体D-Loop区DNA多态性分析中，通过计算变异位点数、简约信息位点数、单倍型、单倍型多样度、歧义度、核苷酸多样度等遗传信息，在71份样品中，共检测出了6个多态性位点，多为C→G突变，5个突变位点发生在5LR区同一位置；定义了9种单倍型，且三个种群分别有各自单倍型，互不重叠。青紫蓝兔有四种单倍型，包括H1（17）、H2（1）、H3（2）、H4（2）；新西兰白兔有三种单倍型，包括H5（7）、H6（3）、H7（18）；日本大耳白兔有两种单倍型，包括H8（1）、H9（20）。D-loop区是线粒体DNA的控制区，这一区域存在长序列重复片段，在兔科动物中多为5LR重复。本实验中，青紫蓝兔22只全为5LR重复；新西兰白兔5LR重复个体10只，4LR重复个体18只；日本大耳白兔5LR重复个体20只，4LR重复个体1只。整体来看，三个种群D-loop区多态性及种群多样性均偏低。在微卫星位点筛查及遗传多样性分析中，共筛查出18个微卫星位点，分别统计了各个位点等位基因频率，有效等位基因数，杂合度，F值。进行了Hardy-Weinberg平衡（HWE）检验，多态信息含量检验，三个种群的遗传距离分析。结果表明：日本大耳白兔平均等位基因观测数为3.167，平均有效等位基因数为2.704；平均观测杂合度为0.444，平均期望杂合度为0.468；平均多态信息含量为0.410；在Sat13，INRCCDDV0088位点完全纯和，这两个位点可作为日本大耳白兔种群鉴别候选位点；在位点So144、INRCCDDV2016、INRCCDDV0344、6L2H3上HWE检验P﹤0.05，显著偏离Hardy-Weinberg平衡，但这四个位点多态信息含量0.3﹤PIC﹤0.8，属中高度多态性。青紫蓝兔平均等位基因观测数为4.556，平均有效等位基因数为2.704；平均观测杂合度为0.523，平均期望杂合度为0.5498；平均多态信息含量为0.549；6L2H3和Sat8上HWE检验P﹤0.05，显著偏离Hardy-Weinberg平衡，两个位点多态信息含量0.6﹤PIC﹤0.7，为中高度多态性。新西兰兔平均等位基因观测数为3.444，平均有效等位基因数为2.359；观测杂合度为0.498，平均期望杂合度为0.53；平均多态信息含量为0.47；在6L2H3、7L3F2和INRCCDDV0344上HWE检验P﹤0.05，显著偏离Hardy-Weinberg平衡，三个位点多态信息含量0.3﹤PIC﹤0.7，为中高度多态性。三个种群遗传距离：青紫蓝兔与新西兰白兔遗传距离最近，为0.124；与日本大耳白兔遗传关系最远，遗传距离为0.320；新西兰白兔与日本大耳白兔较远，为0.310。结合线粒体D-Loop区多态性与微卫星多态性综合分析，研究结果表明，三个种群封闭群实验兔在经过多年培育后，遗传结构较为均一，种群间遗传分化明显。横向比较三个种群，日本大耳白兔遗传结构较为单一，18个位点平均多态信息含量为为中度多态性；青紫蓝兔有遗传多样性最丰富，多态信息含量为高度多态性；新西兰兔遗传多样性较为丰富，18个位点平均多态信息含量为中度多态性。说明封闭群动物在经过多年的培育后，有些位点偏离Hardy-Weinberg平衡，但多态信息含量依然相对丰富，符合封闭群动物遗传特性。