【摘 要】
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随着生物化学、分子生物学、生物物理学等相关学科的迅猛发展，越来越多的生物大分子的三维结构和功能信息得到了解析和阐明，这都为计算机辅助药物设计的发展提供了非常有利的平
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随着生物化学、分子生物学、生物物理学等相关学科的迅猛发展，越来越多的生物大分子的三维结构和功能信息得到了解析和阐明，这都为计算机辅助药物设计的发展提供了非常有利的平台。药物开发也从传统的随机筛选逐步过渡到基于结构的药物设计和基于机理的药物设计。论文第一章主要概述了计算机辅助药物设计(CADD)的常用的方法和策略。
论文的第2章主要通过计算机辅助药物设计的手段对HIV-1整合酶两个关键结构域N末端区(NTD)和催化核心区(CCD)进行了药物设计研究。NTD部分：首先通过分子对接的手段预测了两个专一作用于NTD的化合物的可能结合位点，并被定点突变实验所证实，这是全新的作用位点，还未见报道；然后通过多种手段对NTD与病毒DNA的可能结合方式进行了预测，预测结果与实验证据有着很好的吻合。CCD部分：我们运用多种手段对一经全新药物设计后得到的CCD抑制剂的骨架进行了挖掘和处理，又利用了分子对接的手段对一类具有全新结构的CCD抑制剂进行了活性预测，后经实验证实其中一个化合物的活性达到了微摩尔级。
论文的第3章利用分子对接和3D-QSAR的方法研究了2-(5，6-二甲氧基)．1．茚满酮衍生物与乙酰胆碱酯酶(AChE)相互作用的机理，并且建立了具有较高预测能力的3D-QSAR模型。得到的QSAR模型轮廓图与AChE结合位点的三维拓扑结构之间有很好的一致性并利用测试集中的化合物对模型的预测能力进行了进一步验证。我们建立的3D-QSAR模型为将来设计活性更强、专一性更好的AChE抑制剂提供了线索。
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