秦岭山系是我国南北地理、气候和生物地理的分界线和交汇过渡地带,生物多样性资源丰富,是我国生物多样性保护的热点地区之一。本文以秦岭山系主峰及周边地区为研究区域,通过文献调研与专家咨询,确定7种重点保护哺乳动物,即大熊猫、羚牛、林麝、斑羚、鬣羚、金丝猴、金猫为研究对象。通过野外调查,遥感影像解译、结合Maxent模型生境评价、GAP分析与Marxan系统保护规划等空间分析与规划方法,研究了秦岭山系重要保护哺乳动物的生境分布,鉴定了保护关键区域,提出了秦岭山系保护区体系规划方案以及哺乳动物保护的建议与对策。主要研究结论如下：(1)研究区范围内,大熊猫、金丝猴、羚牛、林麝、金猫、斑羚和鬣羚的生境分别为3648.9 km2、7333.9km2、11261.9 km2、9164.4 km2、12647.8km2、8574.6km2、7140.1 km2,主要分布于主峰太白山及周边区域,包括太白、周至、宁陕、佛坪和洋县等地。(2)秦岭山系哺乳动物保护关键区总面积10629.7km2,占研究区面积的36.7%。关键区可分为3个部分：关键区Ⅰ包括宝鸡市辖区、太白与凤县3县的交界地带,以及凤县西北角,总面积1043.3km2；关键区Ⅱ位于主峰太白山及周边主脊两侧地区,包括太白、周至、眉县、户县、佛坪、城固、洋县、宁陕等县的中高海拔地区,总面积8561.3 km2；关键区Ⅲ包括留坝和勉县的交界地区,以及凤县南部部分区域,总面积997.1 km2。(3)目前秦岭山系所建立的自然保护区网络保护的关键区面积3821.3km2,占关键区总面积的35.9%。关键区Ⅰ完全处于保护空缺状态,没有建立任何保护区。关键区Ⅱ基本的处于保护区范围内,但东部和西部仍然有大部分地区处于保护空缺状态。关键区Ⅲ仅有北部的小部分位于凤县屋梁山保护区范围内,其它大部分地区处于保护空缺状态。基于GAP分析的结果,提出新建5个自然保护区,3个自然保护区廊道,以更有效地保护该山系的重要保护哺乳动物。(4)以大熊猫为研究对象,以关键区Ⅱ为研究区域,以景观连通性分析为基本方法,提出了保护区群的概念性规划方案。在保护区群的总体布局上,在重要生境保护空缺地区新建湑水河和锦鸡梁2个保护区,并在景观连通性高的地区建立3个连接区。在保护区群内功能区划上,整个区域划出4个核心区,以涵盖6个大熊猫居群的核心生境；其外围是缓冲区,最外围是连成整体的实验区。(5)秦岭山系哺乳动物保护对策包括：扩大自然保护区的范围,加强保护区的整合与功能区调整；减小交通、旅游等人类活动对野生动物的影响；促进哺乳动物保护关键区的经济与社会的发展；加强保护野生动物的普法宣传和保护执法,加强物种生境的监测与管理。