小水电作为一种清洁可再生能源,在解决我国大电网无法延伸地区用电问题、提高农村电气化水平、发展农村经济中扮演着重要角色,就近成网,就近供电,主要为解决农村用电服务,履行社会公益责任,为改善广大山区农民生产生活条件、促进农村发展发挥了不可替代的作用。2002年投资体制改革后,一方面,大量社会资本涌入农村水能资源开发领域进行商业性开发,虽然极大地加快了农村水能资源开发利用步伐,但是商业性开发的农村水电主要是为了获取经济利益,并不承担为“三农”服务的公益性社会责任；另一方面,各级政府对原来国家和集体性质的农村水电进行了较大面积的出售改制,改制后的企业虽然明确了产权关系,但也导致了公益性责任缺失。大量的农村水电企业成为纯商业性企业,民间资本获得了经济效益,但并不承担社会公益责任,环境与生态保护问题凸显,农村水电服务“三农”的作用丧失,小水电的可持续发展面临巨大威胁。针对上述问题,本文首先对当前小水电企业做了概念界定,并阐述了电价相关理论,为引出小水电电价机制的问题作铺垫；接着分析了当前小水电电价机制运行现状和存在的问题,并依次从电价机构、电力供求关系、电价功能定位等方面分析了电价机制存在的具体问题,并分析了小水电可持续发展存在问题的原因,得出了产权界定不清晰、电价构成不合理是当前小水电企业发展普遍艰难的结论；为了解决当前电价机制存在的问题,文章提出了考虑生态补偿的小水电定价模型,并基于新时期小水电发展实际,将小水电企业类型作了划分,本文提出了将小水电企业按照承担社会责任的不同和功能定位差别分为公益性质小水电和商业运作小水电,在此基础上分别研究两类小水电企业的电价形成机制问题。并提出了小水电可持续发展的生态补偿机制,作为对电价机制的补充。