进入“十二五”时期,创新性国家的建设已经提上了我国的日程,“十二五”规划所要求的以企业为主体、市场作为导向、产学研相结合的技术创新信体系的建设已经开始取得了全面的发展,这个全新的技术创新体系的一个重要特点就是：强化企业在技术创新中的主体地位,大力开发关键核心技术和共性技术,所以,企业的自主创新问题是创新性国家体系建设中至关重要的一环。但是,目前我国企业自主创新还存在着各种问题,例如：企业创新意识薄弱,技术创新总体水平不高,技术创新成果转化能力不强等问题还仍然存在,其中,一个最关键的问题就是企业自主创新的动力不足,资金、人才等还处于缺乏的境地。为了解决这些问题,本文构建了一个三阶段博弈模型,对政府的财政政策补贴之于企业自主创新的影响进行分析。研究结果表明：政府的财政补贴能够有效的增加企业的自主创新的投入、产品的产量、企业利润、研发机构利润以及社会福利,所以,政府的财政激励对于促进企业对自主创新具有十分必要的作用。在政府进行财政补贴对情形下,企业对自主创新的水平会伴随着产品的边际生产成本、创新系数的增加而进行降低,而值得注意的是,产品的技术溢出会有效的促进企业的自主创新,单位授权金仅对研发机构利润产生影响。在对政府的财政补贴水平的这些因素中,产品补贴e和投入补贴s随a和β增加而增加,而会随着c、r和γ增加而不断的降低。所以,本文的研究内容对于政府的财政补贴政策有效的介入到企业自主创新过程中提供了一个理论上的参考。