LncRNA MALAT1和BCAR4 SNPs与乳腺癌遗传易感性关联研究及功能分析

来源 :郑州大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:yncai
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
乳腺癌是包括中国在内的许多国家的常见肿瘤、其较高的发病率和死亡率使其成为了一个重大的公共卫生问题,严重威胁女性的健康。乳腺癌是一种复杂的疾病,通常认为乳腺癌是由环境因素、生殖因素以及遗传因素造成的结果。新近研究发现lncRNA能够影响肿瘤的发展进程,并且出现了越来越多的SNP与肿瘤易感性之间的报道。MALAT1在包括乳腺癌在内的多种肿瘤组织中上调表达,并且与乳腺癌细胞的增殖和转移有关,是乳腺癌的危险因素。有研究显示BCAR4的高表达与非小细胞肺癌、骨肉瘤相关。在乳腺癌中,BCAR4的高表达量与乳腺癌病人的不良生存结局有关。据我们所知,目前没有研究报道MALAT1和BCAR4的遗传变异SNP与乳腺癌易感性之间的关系。目的探究MALAT1和BCAR4的六个标签SNP(rs3200401、rs619586、rs7929113、rs4561483、rs11649623、rs13334967)与乳腺癌遗传易感性之间的关联。并对实验结果中发现的有意义的SNP位点进行功能验证,进而探索lncRNA MALAT1和BCAR4的SNP在乳腺癌中的作用。方法(1)采用病例对照的研究方法,病例选取478例来自医院确诊的乳腺癌患者,对照489例来自健康调查人群。(2)根据NCBI、Ensembl、GVS等网站信息,利用haploview软件,得到中国人群的MALAT1和BCAR4的标签SNP信息。(3)MALAT1的rs3200401、rs7929113,BCAR4的rs11649623位点采用限制性片段长度多态性聚合酶链式反应(PCR-RFLP)的分型方法;MALAT1的rs619586、BCAR4的rs4561483、rs13334967位点采用创造性酶切位点(CRS-PCR-RFLP)的分型方法。(4)实时荧光定量PCR法检测有意义位点不同基因型的lncRNA相对表达量。数据分析采用SPSS21.0软件。病例和对照两组的基本特征的比较采用t检验和χ2检验;对照组中各SNP位点的频率分布采用Hardy-Weinberg平衡检验;六个SNP位点与乳腺癌之间的关联采用非条件logistic回归模型并调整其他因素;SNPs与生殖因素间的基因-环境交互作用用MDR软件分析;各lncRNA单体型分析采用SHEsis在线软件。(5)MALAT1和BCAR4的相对表达量,采用2-ΔCt公式计算。结果(1)MALAT1 rs3200401与乳腺癌患病的风险较低有关:相比于CC基因型携带者,CT基因型携带者患乳腺的风险降低了25%(CT VS CC,OR:0.75,95%CI:0.559-1.007);相比于CT基因型携带者,CC和TT基因型携带者患乳腺癌的风险降低了25.9%(CC+TT VS CT,OR:0.741,95%CI:0.552-0.993)。MALAT1rs619586与患乳腺癌的风险较低有关:相比于AA基因型携带者,AG基因型携带者患乳腺癌的风险降低了31.6%(AG VS AA,OR:0.684,95%CI:0.478-0.979),AG+GG基因型携带者患乳腺癌的风险降低了32.5%(AG+GG VS AA,OR:0.675,95%CI:0.479-0.951);相比于AA+GG基因型携带者,AG基因型携带者患乳腺癌的风险降低了30.8%(AG vs AA+GG,OR:0.692,95%CI:0484-0.989)。(2)BCAR4 rs13334967与乳腺癌患病的风险较低有关,相比于AA基因型携带者,AT基因型携带者、TT基因型携带者可分别降低乳腺癌患病风险26.8%(AT VS AA,OR:0.732,95%CI:0.429-0.931)和26.9%(TT VS AA,OR:0.732,95%CI:0.511-0.990),AT+TT基因型可降低乳腺癌患病风险20.2%(AT+TT vs AA,OR:0.798,95%CI:0.571-0.970)。(3)MALAT1的rs619586的AG(OR:0.425,95%CI:0.239-0.755)和AG+GG(OR:0.464,95%CI:0.270,0.799)基因型与PR受体阳性状态有关联。(4)MALAT1的单倍型Crs3200401Ars619586Grs7027113可能将乳腺癌患病风险提高35.8%(OR:1.358,95%CI:1.106–1.668),但是Crs3200401Grs619586Grs7027113可能将乳腺癌患病风险降低34.5%(OR:0.655,95%CI:0.475–0.904)。BCRA4的单倍型Grs4561483Grs11649623Ars13334967和Ars4561483Ars11649623Ars13334967分别可能增加乳腺癌患病风险46.7%(OR:1.467,95%CI:1.217-1.768)和37.0%(OR:1.370,95%CI:1.102-1.844);而单倍型Ars4561483Grs11649623Ars13334967和Grs4561483Grs11649623Trs13334967分别可能降低乳腺癌患病风险19.7%(OR:0.803,95%CI:0.653-0.989)和41.5%(OR:0.585,95%CI:0.429-0.798)。(5)MALAT1 rs619586 AG(0.827±0.390)、GG(0.511±0.149)基因型的携带者相比AA基因型(1.511±0.437)携带者,其MALAT1相对表达量降低;BCAR4rs1333496 AT(1.258±0.075)和TT基因型(0.970±0.152)携带者相比于AA基因型(2.171±0.130)携带者,其BCAR4相对表达量降低。结论(1)携带MALAT1 rs619586的AG、GG基因型,rs3200401的CT基因型,BCAR4的rs13334967AT、TT基因型的个体可能降低乳腺癌的患病风险。(2)携带rs619586的AG、GG基因型的MALAT1相对表达量比AA基因型的低。携带rs13334967 AT、TT基因型的BCAR4相对表达量比AA基因型的低。(3)MALAT1 rs619586与乳腺癌的PR受体阳性相关。(4)MALAT1单倍型Crs3200401Ars619586Grs7027113,BCAR4单倍型Grs4561483Grs11649623Ars13334967和Ars4561483Ars11649623Ars13334967均有可能增加乳腺癌的患病风险;而MALAT1单倍型Crs3200401Grs619586Grs7027113、BCAR4的Ars4561483Grs11649623Ars13334967和Grs4561483Grs11649623Trs13334967单倍型均有可能降低乳腺癌患病风险。
其他文献
公共服务设施伴随城市的发展而形成,是一个城市文化和经济的映射。公共设施作为公众与城市环境的纽带,是公众与城市交互的媒介,在整个城市规划与设计中有着重要的位置。公共服务设施与人们日常生活息息相关,在给人们提供便捷服务的同时,与人们之间产生的问题也日渐凸显。公共服务设施与人之间的关系深受环境的影响,从传统角度去研究公共服务设施的价值已经不足以为完善公共服务设施提供理论支撑。本文分析了公共服务设施的现状
随着经济的飞速发展,金融市场的发展越来越趋向于多元化,近些年农村金融市场在国内取得了广泛关注和快速发展,国家也在通过一些金融政策推动农村金融市场的发展,国外投资机构
海洋水文处理技术是海洋科学技术的重要组成部分,在对比了我国现阶段海洋水文处理技术、海洋数据格式化成果后发现,我国现有大部分海洋水文处理技术的应用仍然存在诸如:海洋水文环境数据可移植性差、海洋水文观测资料管理体制不健全、海洋水文资料格式化应用有待完善等一系列问题。再加上地域问题的因素,我国海域的水文数据分布特征和其他国家的海洋水域不完全一样。这使得我国需要自主开发一套基于我国国情的海洋水文数据处理系
当今世界愈发严峻的能源危机给全球各国的经济社会发展带来了深刻的影响,综合能源系统作为解决能源问题的重要可行方案,逐渐受到人们的关注。综合能源系统可以将不同形式能量的生产、输送、转换和消费环节进行耦合,实现能源的梯级利用,提高综合能源利用率,将成为未来主流供能模式。为进一步提高综合能源系统运行效率,并保证综合供能充裕性,本文提出了一种计及变工况特性的综合能源系统中冷热电联产系统(Combined C
目前,由于世界人口的激增导致人类对能源的需求越来越大,由此导致了目前日趋严重的能源危机和环境问题,因此,现在对可持续的,清洁的能源形式的发展尤为迫切。近年来,各种燃料电池的出现被广泛认为是化石能源的替代形式,但是其阴极的氧还原反应(ORR)通常是非常迟缓的,这严重降低了燃料电池的综合性能,在很大程度上阻碍了燃料电池的实际应用。到目前为止,贵金属金属铂(Pt)基催化剂仍然被认为是ORR催化剂的基准和
目的探讨伴有门静脉高压症(portal hypertension,PHT)的肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者行射频消融治疗的预后。方法回顾性分析2011年1月至2015年12月在青岛大学
现代电力的发展不断对经济性、安全性、可靠性提出更高的要求。为了更加快速准确的判断电网运行状态和电力设备运行状态,利用好历史数据,结合数据挖掘技术对电力系统状态进行预测,是保证系统安全可靠运行的重要措施,也是当下科技发展的必然趋势。本文基于这一思想,提出了一种基于邻域粗糙集和蝙蝠算法优化的支持向量回归预测法。支持向量回归机在电网诸多领域都有应用,所以对电网数据可以说有着较强的挖掘能力。但是该算法本身
研究背景三氯乙烯(Trichloroethylene,TCE)是工业上常用的有机溶剂之一,通常作为金属部件和电子元件脱脂剂和去污清洗剂而被广泛应用于电镀、五金、电子等行业。长期暴露于TC
太赫兹时域光谱(Terahertz Time-Domain Spectroscopy,THz-TDS)技术作为一种新兴的无损检测手段,研究太赫兹波在被测样品中的传播特性,能够实现物理信息和化学信息的快速准确测量。太赫兹时域光谱技术具有频率分量高、高时空分辨率、波谱信息丰富等独特优势,特别适用于板结构非接触、快速、全面的无损检测。本课题从理论分析、系统搭建、实验研究、信号分析与成像技术等方面系统而深
随着无线通信技术的不断发展,移动终端设备呈爆炸式增长,人们对于数据流量的需求也日益增大。低功率接入点在网络中大量密集部署,在提高热点区域网络容量的同时,也使得用户接