流域逐级补偿标准的制定是流域逐级补偿机制运行的核心，确立一个合适且切实可行的补偿标准，才能保障逐级补偿机制的顺利实施。各个流域有其各自的特点，它们的多样性、复杂性和非线性，使得流域生态系统缺乏统一性。因此，在目前的国内和国外对流域生态补偿理论的研究和流域补偿机制的实施中，尚未形成一个较为统一的流域生态补偿标准。我国国内对流域生态补偿机制和补偿标准的确定的研究和实践尚处于探索阶段，在目前的研究中，确定生态补偿标准的依据主要有两种，一是投入成本，二是生态服务价值。从投入成本的角度确定流域生态补偿标准，需要计算直接成本、间接成本和发展成本。尽管有部分学者结合不同的案例依据投入成本对流域生态补偿的标准进行了研究，但是间接成本和发展成本都难以准确核定，所以在实践过程中还会遇到一些问题。正基于此，部分学者从流域生态服务价值方面确定生态补偿标准，但流域生态服务价值不能准确的测定，且所有的生态服务并不能全部有效地被利用于生产中，这会使生态补偿标准制定的过高，从而不利于流域生态补偿机制的正常运行。而以上两种方法所确定的补偿标准经常被作为流域生态补偿标准的下限和上限。本文基于流域生态补偿标准确定所面临的矛盾和困境，针对流域逐级补偿模式，以流域水质恢复成本和水量维持成本为依据，以全国79家污水处理厂的污水处理数据为基础，建立计量经济模型，确定水质恢复成本与污染物含量之间的函数关系，同时以流域水量维持行为的投入为基础，即从水质和水量两个角度对流域生态补偿量进行核算，以保障流域生态补偿顺利进行。流域逐级补偿标准的建立，正是为了减少补偿支付成本，协调两个相邻的上下游区域间的环境利益和由此涉及到的各主体间的经济利益。绝大多数的流域都是跨区域的，因此，这种对相邻区域补偿关系的进行研究的逐级补偿方式，为更好地解决跨区域流域的生态补偿提供了可能。对流域逐级补偿标准的制定的研究不仅仅是对生态补偿理论的进一步的完善，同时也为流域生态环境的可持续发展提供了实践依据。以大汶河流域为例，从水质和水量两个角度进行流域逐级补偿标准的测算。首先，对大汶河的水质状况利用单因子水质评价方法和模糊评价法进行评价与分析，最后得到大汶河水质常年在三类水质、流域生态环境及其恢复和保护的需要，根据之前的理论分析，对大汶河的补偿额度进行了确定。