三峡水库是举世瞩目的水利工程,水库蓄水对库区水环境及生态系统造成了诸多不可避免的影响。开展水库生态系统的动态规律研究,认识成库过程中浮游植物各类群的分布规律具有重要意义。超微型浮游植物在水生生态系统中扮演着重要的初级生产者的角色,为了深入地认识超微型浮游植物的群落结构组成及其与环境理化因子的互动关系,特开展了本研究。在本研究中,分别于2013年春、夏、秋、冬四季采集了三峡水库湖北库区长江干流与支流香溪河流域共五个采样点的超微型真核浮游植物样品,采取扩增性rDNA限制性酶切片段技术,然后结合测序分析,研究了干流与香溪河超微型真核浮游植物的生物多样性,并结合相关环境理化因子的数据,通过冗余分析等统计学方法分析了超微型真核浮游藻类群落组成及其与环境因子的相互关系。18S rDNA基因克隆文库显示,长江干流与支流香溪河流域超微型真核浮游植物群落具有很高的遗传多样性。长江干流与香溪河的超微型真核浮游植物多样性分布存在时空差异,其中干流的空间尺度差异较显著,而香溪河的时间尺度差异较显著。在干流的采样点以及香溪河采样点之内的超微型真核藻类群落组成基本相同,但长江干流与香溪河支流之间的群落组成则很不相同,且甲藻仅在干流中出现。在该水域中,其群落组成主要包含二种藻类和原生动物,分别是隐藻门、绿藻门和纤毛虫(克隆子含量为69.6%),其中有十种以上含量低于5%的藻类组成,还有大量未显示与任何已知藻种相关的序列。另外,长江干流的优势种是隐藻,而香溪河的优势种是隐藻和绿藻,且隐藻的优势度更大。多样性指数计算结果显示,生物多样性丰度最高和分布最广的季节均在秋季。从环境因子和超微型真核藻类的分布关系来看,干流中隐藻与ORP和溶氧呈正相关,香溪河中隐藻和绿藻与N-NH4+呈正相关,而干流和香溪河中隐藻与COD都呈负相关。