在当下的知识经济时代,随着经济全球化和信息技术的快速发展,全球正经历一场空前的科技革命,对我国跨国公司来说既是机遇又是挑战。我国企业在国际竞争中一直处于国际分工的低端甚至是末端阶段,利润空间狭窄,竞争力不足。因此要提升市场地位只有依靠技术创新掌握核心技术才能引领行业发展。尽管政府与企业不断增加资金、资源投入,但我们要摆脱技术创新能力不足的尴尬境地,必须把构建完备系统的现代公司治理机制作为根本出发点。本文结合我国跨国公司的特点和发展现状,将A股上市的我国跨国公司作为研究对象,在对相关概念进行界定和已有研究进行搜集整理、分析评述的基础上,总结出研究所需要的理论依据。然后,理论分析了影响其股权结构与技术创新的各个方面因素,并建立了我国跨国公司股权结构与技术创新影响因素的指标体系,接着本文对均来自国泰安数据库(CSMAR)的技术创新投入数据与财务数据采用excel2007及statal2.0等计量软件进行分析。然后根据稳定性检验的结果,试图从股权结构设计的角度对其形成的原因和对策进行规范研究,寻求激励我国跨国企业加大技术创新的政策和建议。通过对2009年-2013年我国跨国公司连续披露的R&D支出数据进行分析检验得出第一大股东持股比例与技术创新的关系为负相关,H指数同技术创新之间也为负相关,说明第一大股东的绝对控股或股权相对集中对技术创新存在负效应,这与我国跨国公司的股权集中度水平仍然普遍较高有关。国有股比例与技术创新呈负相关关系。且高管持股比例越高,技术创新的投入就越高。因此,我国跨国公司在保持适度集中的股权结构的同时适当控制国有股比例,保持股权主体的多元化,也可以试着把技术创新的成果作为评价高管绩效的指标,与公司的股权激励同步。