改革开放三十年以来，我国各区域经济以及产业经济都取得了长足的发展，但区域发展不协调、不可持续等问题日益突显。为了更好地指导我国各区域经济社会发展伟大实践，2011年5月，国家发改委出台的“十二五”规划纲要将推行主体功能区建设正式上升为国家战略的层面，体现了党和政府对区域可持续发展问题的高度重视。鉴于产业集群在推进我国区域经济发展进程中的重要地位与作用，探索研究主体功能区产业集群发展问题具有重要的理论意义与现实意义。本文的研究目的在于通过相关理论与实证分析探寻主体功能区培育与发展产业集群的一般方法和思路；建立与区域发展要求相适应的主导产业选择指标体系；探讨主导产业实施相关产业配套的措施，以促进其朝着集群化方向发展；探索构建区域产业集群发展绩效水平综合评价指标体系，为我国主体功能区提升产业集群发展水平提供具体的参照标准及发展建议。根据我国主体功能区规划框架以及产业集群发展现状，本文从产业集群与主体功能区的互动发展关系出发，认为产业集群是推动主体功能区全面发展的重要力量，并运用生物共生理论的研究方法分别对主体功能区、产业集群以及相关组织机构三者之间的共生机理进行了分析，探讨了其彼此之间取得共生效应所需依赖的环境或条件。对有利于塑造区域主体功能的主导产业发展问题，本文分别从产业专业化、产业关联度、产业环境影响等八个方面构建了主导产业选择指标体系，提出了围绕主导产业进行产业配套的相关方法与措施，使主导产业与辅助产业在产业链上达到资源整合的良好效果。结合网络层次分析法（ANP）的运行原理，从集群经济效益、集群社会效益、集群增长能力、集群创新能力、集群利益攸关者以及集群生态环保效益这六个维度构建了主体功能区产业集群发展绩效综合评价指标体系，共30个二级指标，72个三级指标，运用该指标体系对唐山市钢铁产业集群发展绩效水平进行了实证分析与评估，并有针对性地提出了改善其发展水平的对策措施。在本文理论和实证分析的基础上，分别从扶持重点产业集群、实施产业配套、发展区域特色产业、推进制度创新、发展对外经济、科学规划利用资源六个方面探讨分析了有关主体功能区培育与发展产业集群的具体对策与建议。关于产业集群问题的相关研究在我国学术界已经相对成熟，但将其放在主体功能区框架下加以研究尚属于一个比较新的领域，本文的主要创新点在于：将主体功能区与产业集群作为两个密切相关而又相对独立的经济系统进行研究，运用生物系统共生理论以及网络系统理论方法来探讨两者之间的主要共生模式，分别对区域共生系统中各参与者之间的共生机理进行了展开分析，并获得了促进其共生效应有效发挥所需具备的共生条件；提出产业集群是现阶段我国主体功能区取得全面发展的主要依托力量，分析了产业集群与主体功能区之间的互动发展关系，并系统地总结了产业集群在推动主体功能区发展过程中所具备的功能与作用；构建了与主体功能区发展要求相适应的主导产业选择指标体系，其中纳入了产业生态环境影响指标，并提出需要完善产业配套工作来重点扶持与发展区域主导产业集群；探索建立了关于我国主体功能区产业集群发展绩效评价指标体系，突出了集群社会效益以及集群生态效益指标的作用，运用该指标体系对唐山市钢铁产业集群发展案例进行了实证分析，并提出了相应的改进措施；系统性地提出了有关主体功能区培育与发展产业集群的措施与建议，为推进主体功能区与产业集群的协调发展提供理论参考。