本研究选用30个微卫星标记对川渝山羊5个品种或种群(南江黄羊、金堂黑山羊、板角山羊、川东白山羊、大足(铁山)黑山羊)，共计147个个体进行遗传距离分析。通过计算遗传杂合度、多态信息含量、有效等位基因数、NEI氏遗传距离，分别用非加权配对算术平均法(Unweighted Pair Oroop Method usingarithmetic Averagr，UPGMA)聚类分析和和邻近结合法(neighbor-joining method，NJ)，分析品种之间的遗传变异情况。结果显示： 1 本研究选取的30个位点，在5个山羊群体中进行遗传多样性分析，共检测到287个等位基因。表明所选出的30个微卫星位点在5个山羊群体中多态性比较丰富。 2 30个微卫星位点在5个群体中的平均多态信息含量为0.796，从这个数据来看，反映了在整体水平上本研究的地方山羊品种拥有较丰富的遗传信息量，其中南江黄羊拥有的平均多态信息含量最高为0.763，而大足黑山羊为0.735。 3 30个微卫星位点在5个群体中的平均基因杂合度为0.824，金堂黑山羊的基因杂合度最高为0.819，大足黑山羊的基因杂合度最低为0.786。 4 5个山羊群体中的遗传距离中，南江黄羊和金堂黑山羊之间的距离最近为0.0804，大足黑山羊和川东白山羊之间的距离最远为0.1574。 5 大足黑山羊与金堂黑山羊、南江黄羊、板角山羊和川东白山羊的遗传距离分别是0.1097、0.1373、0.1464和0.1574。