金融危机之后，全球经济发展速度放缓，发达国家开始重新振兴本国工业，我国工业企业面临的竞争日益加剧。国内能源紧张、人力成本上升、环境恶化的现状以及发展低碳经济的压力，使得中国的工业发展面临着迫切的转型升级，从要素投入驱动型向科技创新驱动型转变。长三角地区是我国重要的工业基地，但是长期以来传统的粗放型工业增长方式，已经不适应工业经济可持续发展的要求。因此，长三角实现工业的转型，必须依靠科技进步和效率提升来推动工业企业发展。本文首先分析了长三角地区工业企业的发展现状及存在的问题。接着，以规模以上工业企业的数据为基础，采用DEA-Malmquist指数法，对1998-2011年长三角地区工业企业全要素生产率进行了总体分析，然后从行业、所有制类型和空间差异三个角度进行了比较研究。从总体来看，长三角地区工业企业的全要素生产率呈增长趋势，但增长的速度开始放缓，全要素生产率的增长主要依靠技术进步来拉动，其中技术变动的增长较为强劲且为正增长，而技术效率则呈现负增长。全要素生产率对企业经济的贡献率为44.2%，资本投入的贡献率为52.9%，劳动投入仅为2.9%；从分行业来看，工业企业的不同行业全要素生产率也均为正增长，但是高中低生产率行业间有较大差别，主要原因在于高中低生产率行业的技术效率变动指数不同。各行业的全要素生产率之间不存在σ收敛和绝对β收敛，不同行业的全要素生产率水平同一不会趋于一致；从不同所有制类型来看，长三角地区不同所有制类型工业企业间的全要素生产率差距逐渐变小，所有制类型不是全要素生产率的主要影响因素；从空间方面来看，两省一市工业企业全要素生产率增长率由高到低分别为上海市、浙江省、江苏省。各要素与长三角地区工业企业全要素生产率关联程度的大小依次为：市场化程度、企业科技投入、企业规模、对外开放程度；各要素与上海市工业企业全要素生产率关联程度的大小依次为：对外开放程度、市场化程度、企业科技投入、企业规模；各要素对江苏省工业企业全要素生产率关联程度的大小依次为：市场化程度、企业科技投入、企业规模、对外开放程度；各要素对浙江省工业企业全要素生产率关联程度的大小依次为：市场化程度、企业规模、对外开放程度、企业科技投入。最后，本文提出了提高长三角地区工业企业全要素生产率的对策建议：加大科技投入，推动技术创新；提高FDI质量，促进技术外溢；改进企业管理，提高技术效率；优化行业结构，促进区域协调发展等。