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为深入探讨小麦杂种优势形成的分子机理，选取3个冬小麦品种(系)为一组亲本，3个为另一组亲本，配制了正反交18个杂交组合，以授粉后6天和12天的杂交和自交种子为材料，应用mRNA差异显示技术(DDRT-PCR)和cDNA扩增片段长度多态性技术(cDNA-AFLP)研究了小麦杂交当代种子与其亲本自交种子基因的表达差异，并与田间杂种优势进行相关分析，对差异表达的基因片段进行回收、克隆和测序，取得的主要结果如下： 1．授粉后12天和授粉后6天种子的基因表达类型相同，分为8大类共15种。统计结果显示，两个时期的基因表达模式比例有以下几个特点：1)两个时期杂交种与亲本间有明显的表达差异，差异表达基因比例为40～60％；2)授粉后12天扩增片段的总数比授粉后6天减少28％，差异表达基因比例减少11.72％，相应地，表达一致类型的比例增加。 2．授粉后12天与授粉后6天的相关分析结果表明：授粉后6天，杂交种与父本表达一致型(t0111)与有效穗数、穗粒数和单株产量杂种优势呈显著的负相关，反交杂交种特异表达型(t0010)与千粒重杂种优势呈极显著的负相关，单亲沉默型(t1000)与穗长杂种优势的负相关达到显著水平，双亲共沉默型(t1001)与有效穗数杂种优势呈显著的正相关；授粉后12天，反交与相应母本表达一致型(t0011)与有效穗数、穗粒数和单株产量杂种优势的正相关达到显著水平，杂交种特异型(t0110)与有效穗数、穗粒数、单株产量和单穗产量杂种优势的的正相关达到显著水平，双亲共沉默型(t1001)与有效穗数和单株生物学产量杂种优势的负相关达到显著水平。 3．对89个经点杂交验证的差异表达cDNA片段进行了克隆测序分析，结果表明其中的55个cDNA片段与已知功能的基因有较高的同源性，相应基因与多个生理生化过程有关：包括糖代谢(6个)、脂类代谢(3个)、蛋白质合成(9个)、蛋白质降解(3个)、氨基酸代谢(2个)、核酸代谢(3个)、核苷酸代谢(2个)、调控蛋白(6个)、物质跨膜运输(5个)、能量转换(4个)、信号转导(2个)、胚乳蛋白质的贮藏(8个)及其它(2个)。此外，还有34个cDNA片段功能未知。上述89个cDNA片段中有25个cDNA片段，其相应基因的表达模式与农艺性状杂种优势有显著的相关性。