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1.利用FIASCO（Fast Isolation by AFLP of Sequences Containing repeats）法筛选大菱鲆微卫星DNA序列。先用MseI酶酶切大菱鲆的基因组DNA，加接头，用M00通用引物PCR扩增，建立小片段基因组文库；再采用以生物素标记的(CA)12，(AC)17，(AG)17，(AT)17，(AAT)10，(AAC)10，(GACA)10，(GATA)10为寡核苷酸探针，与串联重复序列杂交，构建大菱鲆的微卫星DNA富集文库；与载体连接，转入感受态细胞中，经含氨苄的LB培养基培养，初筛出2027个阳性菌落；经三组PCR反应，二次筛选出655个克隆，富集效率为32.3%。测序后得到597条序列，经分析76个克隆（12.73%）缺乏明显的微卫星序列，65个克隆为雷同序列（10.89%），因此本实验共得到469条含有串联重复序列的独立克隆，此次FIASCO法的富集效率为78.56%。2.对上述筛选的微卫星序列进行了特征分析。在469条单一序列中分析得到597个微卫星位点。其中完美型为309个，占51.76%；非完美型为207个，占34.67%；复合型81个，占13.57%。所得到的微卫星DNA核心序列的重复次数在3～96次之间，平均重复数为13.39次，重复次数主要集中在3～19次，占78.02%；所筛大菱鲆微卫星DNA重复类型最多是二碱基，占85.25%；重复单元类别最多的是(CA/GT)n，占77.6%，其次是(AG/CT)n，占11.50%。所筛微卫星序列长度主要集中在150bp～349bp之间（81.3%）。此外，还有1个克隆含有重复单元为八碱基(AGACGGAC)n的串联重复序列，即小卫星序列，另两个克隆分别含有(AC)6(GC(AC)3)6和(TG)14(AGCGCA(TG)5)4重复序列。3.开发大菱鲆微卫星引物。分析得到的469个微卫星位点侧翼序列情况，有384个位点（81.88%）两端有合适的侧翼序列进行引物开发；结合实际情况共设计了413对引物，其中有360对能够得到稳定表达的产物。经微卫星标记初筛试验，168对引物（46.7%）的扩增产物带型单一，183对引物（50.8%）的PCR产物有多态性，其中110个微卫星位点（30.6%）符合遗传连锁图谱作图标准。4.进行大菱鲆微卫星标记初筛实验，以期获得构建大菱鲆遗传连锁图谱的作图标记。通过拟作图家系的2个亲本和6个Fl代个体对748对微卫星引物（上述实验开发的360对引物和文献已发表的388对引物）进行初步筛选，其中有721对引物能够获得清晰的扩增产物：254对引物的扩增产物为单一目的条带；467对引物扩增产物的目的条带具有多态性，其中有294个微卫星位点符合遗传图谱作图标记的标准。5.微卫星标记在作图家系F1代中的分离模式。从初筛试验获得的294个符合作图标准的微卫星位点中，随机选取120对微卫星引物，在拟作图家系的2个亲本和92个Fl代个体中进行标记分离情况研究，其中115对引物能够获得清晰的扩增产物。共得到五种分离模式（♀×♂）：abxcd、efxeg、hkxhk、lmxll、nnxnp；每个标记分离产生2~4个等位基因，共获得254个等位基因，平均等位基因数为2.21个。其中2个微卫星标记FF0919、Sam-USC138发生异常基因型分离，其余113个微卫星标记的平均期望杂合度为0.57，平均观测杂合度为0.55。经卡方检验，l6个标记（14.2%）严重偏离孟德尔分离定律（P<0.01）；87个微卫星标记（占77.0%）符合孟德尔分离规律（P＞0.05），后者可以用于构建大菱鲆的遗传连锁图谱。