《黄帝内经》是我国中医理论的奠基之作,其本身包含着类似于现代系统论的朴素系统思想。现代系统论随着科学技术的发展,已经具备了相对成熟的理论体系,所以用现代系统论的视角去研究《黄帝内经》,发现其是一个具有极大研究意义的课题。通过对《黄帝内经》的成书背景以及思想渊源的深度分析,得出《黄帝内经》受儒家、道家学说的影响,形成了一种朴素的系统论,但它本身的着眼点并不完全在客观对象的实际联系上,而是一种主观精神,所以《黄帝内经》本身包含的朴素系统思想存在一定的局限性。而现代系统论是20世纪以来发展最快的横断学科,相继涌现了控制论、信息论、耗散结构理论、协同学、突变论等,成为21世纪发展最有前途的科学。因此将现代系统论思想与《黄帝内经》的核心思想相结合,对提升当今社会的医学和学术思想具有极大的理论价值和现实意义。《黄帝内经》的系统科学思想研究主要体现在整体性、演化性两大方面。通过对《黄帝内经》整体性的分析,发现其将人体看作一个整体系统,不仅在结构上相互联系,更在功能上相互协调。另外通过整体性的研究,进一步揭示出系统发展的演化路径及其规律,阐明养生观、病理两大系统在演化过程中的结构性规律以及各自形成的内外动力机制与微观和宏观机制。在实现人体健康发展的演化路径中,特别强调人体内部建设系统演化的动力机制以及作为外部因素自然环境的推动作用,但是外部因素的引导只有在人体内部动力相协调的情况下才能实现整体和谐。同时在分析养生、病理时注重宏观特征影响微观个体,而稳定的宏观特征又是由大量的微观元素构成的,这是一个双向互动的过程。综上所述,在分析《黄帝内经》系统科学思想的研究中运用整体性、演化性将各种因素进行优化整合,这样做既有利于借助《黄帝内经》中丰富的系统思想构建符合时代特征的系统思想,也有利于提高当今的中医临床水平,构建新型的医学模式,对当今的系统思想和医学发展产生了一定的现实意义。