2017~2019年河南省漯河市严重急性呼吸道感染病例中人副流感病毒基因特征分析

来源 :内蒙古医科大学 | 被引量 : 1次 | 上传用户:jimiewongy2009
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目的研究我国河南省漯河市流行的人副流感病毒(Human parainfluenza viruses,HPIVs)的基因特征和流行规律,为我国人副流感病毒的监测、防控和疫苗研发提供基础科学数据。方法收集2017年10月至2019年6月在河南省漯河市中心医院就诊的符合严重急性呼吸道感染(Severe acute respiratory infection,SARI)病例定义患者的咽拭子标本1019例。采用实时荧光定量聚合酶链反应(Real-time quantitative polymerase chain reaction,qPCR)方法对19种常见呼吸道病原进行筛查,并对HPIVs在呼吸道感染性疾病患者中的检出率、性别、年龄和发病季节进行分析。通过巢式逆转录聚合酶链反应(Nested reverse transcription polymerase chain reaction,nested RT-PCR)扩增血清素-神经氨酸酶蛋白(Hemagglutinin-neuraminidase protein,HN 蛋白)基因全长并测序,同时下载GenBank数据库中我国及全球其他国家流行的HPIVs毒株HN基因序列,构建基因数据库,分析其核苷酸和氨基酸同源性,应用最大似然法(Maximum Likelihood method)建立HPIVs HN基因系统进化树。结果1019份样本通过19种呼吸道病毒实时荧光定量PCR方法检测,共检测出病毒感染阳性727例,总阳性率为71.3%(727/1019)。其中HPIVs的阳性率为10.4%(106/1019),是检出率第三位的病毒。106例HPIVs阳性样本中,HPIV 1检出30例,阳性率为3.0%(30/1019);HPIV 2 检出 9 例,阳性率为 0.9%(9/1019);HPIV 3 检出 52 例,阳性率为 5.1%(52/1019);HPIV 4 检出 15 例,阳性率为 1.5%(15/1019)。106 例HPIVs阳性样本中,有57.5%(61/106)的样本存在混合感染。HPIVs感染在1~3岁年龄组检出率最高,占HPIVs阳性患者的51.9%(55/106),18岁以上的年龄组检出率最低,占2.8%(3/106)。HPIVs各年龄组总检出率的差异有统计学意义(χ2=24.276,P=0.000)。该地区HPIVs感染具有明显的季节分布,夏季(35.1%)检出率高于春季(11.0%)、秋季(1 1.1%)和冬季(6.94%),四个季节总检出率差异存在明显统计学意义(χ2=43.768,P=0.000)。通过nested RT-PCR方法,获得67株HPIVs HN基因全长序列,其中HPIV 1 18株,HPIV 2 5株,HPIV 3 35株,HPIV 4 9株。18株HPIV 1 HN基因全长(1728nt)的核苷酸和氨基酸同源性在95.2%~100%和94.1%~100%。其中17株属于B3型,1株为B1型。与各国家相比,河南漯河株与泰国株同源性最高(核苷酸和氨基酸同源性均为98.8%)。5株HPIV 2 HN基因全长(1716nt)的核苷酸和氨基酸同源性在91.4%~99.8%和94.2%~99.8%。有4株是A群,1株是B群。河南漯河株HPIV 2 HN基因的核苷酸和氨基酸与越南株同源性最高,分别是96.8%和98.2%。35株HPIV 3 HN基因全长序列(1719nt),核苷酸和氨基酸的同源性分别是96.3%~100.0%和98.4%~100.0%。与西班牙毒株同源性最高,为98.4%和99.7%。河南漯河株中有20株HPIV 3属于C3a亚型,14株属于C3b亚型,还有1株被划分至C5型。9株HPIV 4 HN基因序列全长(1740nt),其中7株为HPIV 4A,2株为HPIV 4B。7株HPIV 4AHN基因核苷酸和氨基酸同源性为97.7%~99.8%和97.4%~99.5%。2株HPIV 4B HN基因核苷酸和氨基酸同源性为99.6%和99.5%。7株HPIV 4A均属于Ⅲ c型,2株HPIV 4B属于Ⅲ型。9株HPIV 4 HN基因序列(1740nt)与原型株HN基因(1725nt)相比,均在C端插入15个核苷酸(5个氨基酸)。结论2017年10月至2019年6月期间,HPIVs是河南省漯河市严重急性呼吸道感染病例中检出的重要病原体之一,且以HPIV 3为主,至少有C3a、C3b、C5三个基因型的HPIV 3毒株在漯河市共流行。HPIVs四个血清型中,HPIV 1居第二位,以B3型为主。河南漯河市出现了国内较少流行的HPIV4,以HPIV 4A为主。HPIV 2存在散发病例,多属A群。
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