基于MVC架构的可重用基因组序列可视化软件

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人类基因组计划的目标在于,为所有的科学家提供一个可参考的基因组序列,同时加速生物医学研究的步伐。生物信息学已成为一门非常注重可视化功能的学科,各种复杂生物信息的可视化,能够为生物学家进一步直观地分析和处理这些数据提供便利。在基因组研究领域,对序列信息加以可视化对于分子生物学、生物信息学研究具有重要意义。现有的基因组可视化软件,针对不同的应用环境,在功能以及可操作性方面各有优劣。从软件开发角度来看,此类软件存在较为复杂的视图结构和用户操作处理模块,软件构架比较复杂,开发成果对于其他开发人员而言可重用价值不高,难以与其他基因组分析系统进行整合。因此,需要开发出对生物学家有较强可操作性,对生物信息软件开发人员有较强可重用及可扩展性的基因组可视化软件。本文可重用的基因组序列可视化工具FeatureVista的开发和实现过程。FeatureVista基于模型-视图-控制器(MVC)模式来构架系统,通过属性监听技术实现了各视图的同步更新,使得用户能够在视图中方便快捷地进行定位、缩放等操作;并采用统一地视图接口,用户开发新的视图类只需实现该接口,即可方便地将新的视图添加到系统中;采用XML文件配置各视图参数以及特征信息表,能够轻松的对系统加以扩展;另外,FeatureVista可集成到Inforsense公司产品——工作流软件Kensington Discovery Edition的Bioscience生物信息模块中。FeatureVista是在充分考虑到生物学家对基因组可视化的多个方面、多个层次需求基础上完成的。软件支持上述易操作性,并实现了可扩展性、可重用性以及可整合性。
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