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在过去的几十年中,抗生素滥用导致了抗生素的耐药性,严重的危害了人类健康,引起了公众广泛的关注。目前,世界各地的研究小组正在研究耐药病原菌,然而冷鲜畜肉中耐药共生菌的分布和抗生素耐药性特征的数据却很有限。在本研究中,结合宏基因组学对冷鲜畜肉中耐药细菌菌群多样性进行分析,同时用分离鉴定的方式对北京超市冬季和春季出售的冷鲜畜肉中的耐药分离菌株及耐药基因的流行数据进行调查研究,并对耐药分离株的耐药特征进行分析。本文旨在从总体水平上揭示探讨北京市超市冷鲜畜肉中抗生素耐药菌的分布及分子特征。在宏基因组学的冷鲜畜肉耐药细菌菌群多样性分析中,用14种不同的抗生素对冷鲜畜肉（猪肉、牛肉、羊肉）进行预处理,提取实验组和对照组样本DNA,并对样本微生物16SrDNA可变区V3-V4进行扩增和建库,用Illumina MiSeq进行测序,测序数据进行生物信息学分析。Alpha多样性指数表明,与对照组相,比各抗生素处理组中群落物种总数及菌群物种多样性均有不同程度降低。样本聚类和菌群丰度结果显示,同一抗生素处理组组内菌群结构相似度高,与对照组相比,不同抗生素处理组的菌群结构发生了不同程度变化,这些组的优势菌群主要是Aeromonas spp.和pseudomonas spp.。在冷鲜畜肉中耐药菌及耐药基因的分布规律研究中,从2015年冬季到2016年春季,在北京市八大城区的大型超市共采集冷鲜畜肉样本96份（猪肉44份,牛肉41份,羊肉11份）。对样本中的细菌总数和耐药菌总数进行统计分析,分离耐药菌株并用MALDI-TOF MS进行菌种鉴定。结果表明春季采集的冷鲜畜肉中的细菌总数和耐药菌总数要显著高于冬季采集的冷鲜畜肉中的细菌总数和耐药菌总数,耐药菌在不同样本中污染率也有显著性差异。与此同时,从样品中共分离鉴定耐药菌株586株,涉及26个不同的菌属,其中pseudomonas spp.（43.36%,n=254）和serratia spp.（34.30%,n=201）占分离耐药菌株的大部分。在96份样品中,红霉素耐药决定基因（ermA、ermB、ermC、ereA、ereB、mef（A/E）、mphA）,四环素耐药基因（tetM、tetO、tetK、tetL）和粘菌素耐药基因（mcr-1）的阳性样本数分别为24（25%）,60（62.5%）,20（20.8%）,66（68.8%）,0（0%）,77（80.2%）,0（0%）,82（85.4%）,13（13.5%）,67（69.8%）,87（90.6%）and 0（0%）。在抗生素耐药分离株耐药特征研究中,对160株代表性分离株进行了抗生素敏感性试验,所有的分离菌株至少对一种抗生素有抗性,131（81.88%）株分离菌株表现为多重耐药。不少分离菌株（61.5%82.4%）对氨苄青霉素、四环素、阿莫西林-克拉维酸、青霉素G、红霉素和苯唑西林有抗性。部分分离菌株（11.9%51.1%）对庆大霉素、粘菌素、复方新诺明、氨曲南、头孢唑啉、头孢西丁、哌拉西林、氨苄西林-舒巴坦、克林霉素有抗性。ESBLs结果表明有一株分离株（鲍氏不动杆菌）产超广谱β-内酰胺酶,PCR分型结果显示其携带blaTEM基因。