黄连木(Pistacia chinensis Bunge)在我国分布广泛,是重要的生物质能源树种,有着广阔的发展前景。雌雄同株黄连木的发现打破了雌雄异株的瓶颈,提高了果实产量。迄今为止,对雌雄同株黄连木进行了部分研究,但并未涉及遗传多样性和亲缘关系研究。本研究对河南和河北地区四个野生黄连木居群的雌雄花分布情况进行调查,利用SSR标记对140份黄连木样本进行亲缘关系和居群遗传结构分析,并对嫁接树进行连年观察,分析其性别变异的稳定性,为雌雄同株黄连木的起源和演化研究提供基础数据,并为雌雄同株黄连木在生产上的应用提供依据。研究结果如下:1、在河南马鞍山和西齐两个居群,雌雄同株树上两性花花序的数量多于混合花序的数量,雌花序和雄花序的数量基本相等;而在河北老姑和杨家庵两个居群,混合花序的数量多于两性花花序的数量,雌花序的数量多于雄花序的数量。2、黄连木嫁接树的性别表现与接穗的性别表现并不完全一致,表明雌雄同株黄连木并不来源于稳定的芽变。且黄连木的性别表现是不稳定的,单枝性别类型在一年内可发生转变。3、不同株雌雄同株树的SSR基因型不同,而同一株雌雄同株树上不同性别类型花序的SSR基因型相同。4、14对SSR引物共检测出52个等位基因,黄连木居群遗传分化系数(Fst)平均值为0.0316,即96.84%的遗传变异存在于居群内,3.16%的遗传变异存在于居群间。基因流(Nm)平均值为7.6490(Nm>1),表明基因交流在黄连木的遗传分化中起了很重要的作用,大于遗传漂变的作用。5、聚类结果表明,在河南马鞍山和西齐两个居群,以遗传相关系数0.86为阈值,雌雄同株树与雌雄同株树、雌树、雄树样本聚类数分别为3、2、2,3种性别类型黄连木样本的亲缘关系均较近;在河北老姑和杨家庵两个居群,以遗传相似系数0.81为阈值,雌雄同株树与雌雄同株树、雌树样本聚类数分别为3、8,雌雄同株黄连木和雌雄同株树、雌树表现出较近的亲缘关系。雌雄同株黄连木不仅可以和同一地区的黄连木聚在一起,也可以和来自不同地区的黄连木聚在一起,表明河南和河北四个黄连木居群的遗传关系无明显的地域性,黄连木的亲缘关系与植株的性别和居群无关。