PdcA/B/C介导的一个新的c-di-GMP代谢调控通路研究

来源 :西北农林科技大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:jianghui123789
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
环二鸟苷酸(c-di-GMP)作为一种重要的细菌第二信使参与调节多种生理活动,包括细菌的运动性、生物膜形成以及毒力等。细菌的胞内c-di-GMP水平主要受到两种活性相反的c-di-GMP代谢蛋白的调控。一种是二鸟苷酸环化酶(Diguanylate cyclases,DGCs),这种酶含有的GGDEF结构域将两分子GTP催化合成一分子c-di-GMP;另一种是磷酸二酯酶(Phosphodiesterases,PDEs),其含有的EAL或HD-GYP结构域可以将一分子c-di-GMP水解为线性的p Gp G或两分子GMP。大多数细菌基因组可以编码多个c-di-GMP代谢蛋白,这些蛋白除了催化结构域之外,大多还含有感知胞内和胞外信号的传感结构域。细菌可以利用这些传感结构域感受胞外环境或者胞内生理条件的变化,调节c-di-GMP代谢蛋白的活性,进而调控胞内的c-di-GMP水平。然而,大多数情况下这些传感结构域调节c-di-GMP代谢蛋白活性的作用机制未知。本研究在泰国伯克霍尔德氏菌中发现了一个具PAS传感结构域的DGC蛋白PdcA,揭示了同一个操纵子编码的Pdc B和PdcC蛋白对其DGC活性的调控机制,并探讨了该c-di-GMP信号通路对运动性、生物膜形成以及毒力的调控作用。具体研究结果如下:1.通过序列比对和结构域分析,在泰国伯克霍尔德氏菌中一共鉴定出6个假定DGC蛋白,4个假定PDE蛋白以及4个同时含有GGDEF和EAL结构域的假定双功能蛋白。活性位点分析显示,除了BTH_I0751和BTH_I1393的EAL结构域,以及BTH_I2871的GGDEF结构域之外,其余c-di-GMP代谢蛋白的催化位点都是保守的,表明泰国伯克霍尔德氏菌拥有一个复杂的c-di-GMP代谢调控网络。2.通过泳动试验和生物膜形成能力检测,筛选出PdcA(BTH_II2363)能够显著影响细菌的运动性和生物膜,Cdp A(BTH_I2871)仅影响细菌的运动性,其余的c-di-GMP代谢蛋白没有表现出明显的作用,表明PdcA的作用更为关键。3.结构域分析显示PdcA由N-端的PAS传感结构域和C-端的GGDEF结构域组成。通过体外酶促反应和胞内c-di-GMP水平测定发现,PdcA具有DGC活性,能够调节胞内c-di-GMP水平。此外,通过PdcA的蛋白质结构预测,截短体蛋白的体外酶促反应以及体内表型试验发现,PdcA的PAS传感结构域对其DGC活性的发挥至关重要。4.分析pdc A在基因组的位置时发现,pdc A位于一个基因簇的末端,在其上游还有两个基因pdcB(BTH_II2364)和pdc C(BTH_II2364)。通过共转录试验发现,pdc A、pdcB以及pdc C组成一个操纵子共同转录。此外,pdc ABC同源操纵子广泛分布于变形菌门。通过表型实验发现,Pdc B和PdcC也参与调节细菌的运动性和生物膜。进一步通过测定胞内c-di-GMP水平发现,Pdc B和PdcC能够调节细菌胞内c-di-GMP水平。5.通过序列比对发现,pdc C编码一个仅由REC结构域(磷酸化信号接收结构域)组成的单结构域响应调节蛋白,pdcB则编码一个Che C/Che X家族的磷酸酶。通过细菌双杂交、GST pull-down以及体外酶促反应发现,磷酸化的PdcC通过与PdcA的PAS传感结构域互作,进而抑制PdcA的DGC活性。随后又通过磷酸根检测试验发现,Pdc B通过去磷酸化PdcC,间接调节PdcA的DGC活性,表明PdcA、Pdc B和PdcC组成一个c-di-GMP信号通路,共同调节泰国伯克霍尔德氏菌胞内c-di-GMP水平。6.通过大蜡螟感染模型和分泌实验发现,PdcA、Pdc B和PdcC可以通过影响细菌T3SS效应蛋白的分泌,进而影响泰国伯克霍尔德氏菌的毒力。综上所述,本研究在泰国伯克霍尔德氏菌中筛选到两个关键的c-di-GMP代谢蛋白PdcA和Cdp A。后续研究发现同一个操纵子编码的PdcA、Pdc B与PdcC组成一个新的c-di-GMP信号通路,协同调节细菌胞内c-di-GMP水平的转变,进而影响细菌的运动性、生物膜形成以及毒力。本研究扩展了目前关于细菌如何调节胞内c-di-GMP水平的认知。
其他文献
三元辩证法是法国著名城市社会学家列斐伏尔(Lefebvre)于1974年出版的《The production of space》(《空间的生产》)一书中提出的创新型理论,对现在的城市空间发展具有指导意义。于此,笔者查阅了大量资料并进行了实际调查研究,梳理了三元辩证法相关的理论综述与相关概念,对国内外优秀案例进行分析与参考,归纳总结了三元辩证法视域下历史文化街区景观提升设计的的原则与方法,并将其表达
学位
决策是人类社会特有的现象,是人类行为体系中最基本的属性之一。现实世界的决策往往依赖于人类认知信息,具有不确定性和部分可靠性的特点。为了对这类不确定信息进行建模与处理,模糊数学创始人L.A.Zadeh于2011年提出了Z-数的概念。目前,关于Z-数理论的研究尚处于起步阶段,仍然存在计算复杂、Z-数信息丢失、背离Z-数原义等不足。本文主要围绕Z-数的排序、Z-数的距离度量等关键问题进行研究,并将其用于
学位
复杂环境下机载传感器的量测数据具有较大的不确定性,其中信息非完备是重要体现,针对非完备信息容易导致航迹关联难度大、航迹融合效果差的问题,开展了非完备信息情况下的机载多传感器航迹融合算法研究工作。主要工作和贡献如下:1.面向交互式多模型的航迹质量度量策略。基于交互式多模型算法产生的模型匹配概率,本文提出局部航迹信息熵的概念,用来度量局部航迹的质量。在同一观测时刻,不同的传感器对同一目标进行观测,并通
学位
目前神经网络算法得到广泛的应用,随着智能设备对硬件的运算效率和能耗提出较高需求,研究者们提出了众多新型体系结构设计方案。其中Sandwich-Ram是一种新型高速低功耗的神经网络加速硬件架构,它采用了存内计算体系结构,脉冲宽度模拟计算和低精度网络模型等新型硬件加速技术。这些新技术极大地提高了神经网络算法的训练速度,降低了运算功耗,但这些技术存在的一些问题导致了芯片可靠性降低并带来分类精度受损的问题
学位
网络舆情作为舆情的一种表现形式,是舆情在互联网这一场域中的折射。网络舆情身处复杂的舆论场,若任由其蔓延发酵,极有可能导致舆情肆虐。从场域理论的视角来看,网络舆情的生成离不开舆情引体、舆情主体以及舆情载体三个要素的共同作用,可将其概括为“刺激-反应”路径。对此,可从以下几方面着手营造良好的网络舆情生态:减少引体的影响力,给舆情“降温”;培养主体的道德素养与辨识能力,提升普通网民的信息接受程度;加强与
期刊
风险社会的到来增加了高校运行管理的复杂度与难度,移动互联网为其中各类相关主体提供了多元话语空间,由此高校网络舆情事件更加容易爆发。通过定性比较分析(QCA)方法对40个高校舆情案例进行了研究,发现高校网络舆情生成是多变量共同作用的结果:涉及学生生命健康安全类事件,最容易触发舆情风险;重点高校相关事件容易引发意见领袖传播扩散,一旦叠加舆情共振,容易造成舆情爆发;普通高校发生涉及健康安全类事件引发中央
期刊
磁耦合谐振式无线电能传输技术因具备传输效率高、传输距离可达数米远、以及可穿过水、土壤等非导磁性障碍物等优点,在移动电子设备无线充电、嵌入式传感器无线供电等领域具有良好的应用前景。在许多应用场合中,除了实现电能无线传输外,还需要实现数据的同步传输。目前,在进行电能与信号无线同步传输时仍存在相互干扰严重、传输电路结构复杂、信号传输距离近、易受金属材料影响等一系列难题需要解决。针对以上问题,本文对频分复
学位
葡萄是世界上分布范围最广的水果之一,在鲜食葡萄栽培管理中,有大量鲜食葡萄幼果被疏除,不仅是潜在农业资源的浪费,也对果园的生态环境造成负面影响。本研究开展于鲜食葡萄疏果时期,对我国鲜食葡萄主栽产区的鲜食葡萄疏除幼果(Thinned Unripe Grape,TUR)生物量进行了调查,随后对我国乃至全世界的葡萄产业进行TUR生物量进行估算,由此估算出全葡萄产业此潜在农业资源的生物量。选取栽培面积较广的
学位
细菌的群体感应(quorum sensing,QS)是一种由自诱导物介导的细胞与细胞之间的交流机制,可以使细菌以细胞密度依赖的方式协调它们的行为。大多数自诱导物用于细菌的种内交流,而革兰氏阴性和革兰氏阳性菌均可产生的自诱导物-2(AI-2)能够介导细菌种间交流。但是,AI-2的两种已知受体(Lux P和Lsr B家族)并不存在于大多数能够对这种信号分子做出响应的细菌中,表明AI-2尚有未被发现的受
学位
近年来,中国的农业生产环境急剧恶化,农产品质量安全问题频发,中国农产品在国际市场中的竞争力较弱,严重限制了我国农业经济的进一步发展。为此,政府和社区采取了一系列措施,大力推广绿色生产方式,并取得了一定成效,但小农生产的局限性还是使得农户在追求效益的过程中滥用农药和化肥来提高产量,这说明部分农户缺乏持续进行绿色生产的内在动力。然而,阶段式地采用绿色生产方式意义不大,只有农户持续地采用才能真正实现农业
学位