金线鲃属(Sinocyclocheilus)隶属于鲤形目(Cypriniformes)鲤科(Cyprinidae)鲃亚科(Barbinae),是中国特有属鱼类。该属鱼类与洞穴联系密切,分化强烈,物种数多。基于形态学和不同分子标记对金线鲃属鱼类系统发育的研究还存在一定的争议,因此金线鲃属鱼类的系统发育关系并没有完全解决。同时,大量研究表明,天然免疫基因通过启动模式识别受体和干扰素等细胞因子对外界病原体进行识别以及参与免疫应答过程,在生物进化历程中,免疫基因会受到环境的选择作用,受到正选择压力的基因可使物种或个体更具繁殖和生存上的优势。目前尚未见金线鲃属鱼类免疫基因选择压力的相关研究,因此基于免疫基因序列对金线鲃属鱼类进行选择压力分析有利于了解金线鲃属鱼类的适应性进化问题。本研究通过PCR直接测序法一共获得了16种金线鲃属鱼类IFIH1、NOD1基因的编码区部分序列(有效长度327bp、174bp)、22种金线鲃属鱼类IRF-2、TLR4的基因编码区部分序列(有效长度123bp、450bp)、23种金线鲃属鱼类TLR7基因的编码区部分序列(有效长度504bp)。通过分析它们的合并数据集对所研究的金线鲃物种进行系统发育关系探究和选择压力分析。为金线鲃鱼类的物种保护工作提供科学依据,并为金线鲃的基因多样性提供科学价值。研究结果如下:(1)基于5个免疫基因片段合并数据构建的系统发育树结果表明:“角”类金线鲃在“驼背”类金线鲃之前分化出,“抚仙类”金线鲃最晚分化出。进一步验证了前人研究结果。(2)通过合并TLR4和TLR7基因片段数据集构建的系统发育树结果表明,分布于云南的金线鲃物种位于系统发育树的顶端。说明本研究中分布在云南的金线鲃物种比分布在广西和贵州的金线鲃物种分化晚。(3)通过合并TLR4和TLR7基因片段数据集构建的系统发育树结果表明,小眼金线鲃(S.microphthalmus)和麻花金线鲃(S.maculatus)聚为一枝,进一步验证了其亲缘关系。(4)对22种金线鲃属鱼类的TLR4和TLR7基因片段合并数据集进行选择压力分析后,我们发现其所受的选择压力表现为正选择,其中86P、149G、251R和291E这4个位点的后验率大于0.95。其结果表明所研究的金线鲃属鱼类在进化过程中,TLR4和TLR7免疫基因部分序列也发生了适应性进化。