日本对虾是我国重要的对虾养殖种类，开展其良种选育工作具有重要的经济意义。本文以日本对虾育种群体为材料，用微卫星分子标记对不同选育群体进行遗传鉴定，并建立了基于微卫星信息的遗传参数估计方法，为进一步开展日本对虾分子辅助选育工作奠定了重要的技术基础。对日本对虾育种群体进行耐高温测试，分析高温耐受性与生长性状、近交水平的关系；利用SLAF测序法筛选与耐高温性状关联的SNP标记，为改良日本对虾高温耐受性提供分子辅助手段。利用8对微卫星引物对日本对虾养殖群体两个世代的遗传结构进行了分析，共计检测到108个等位基因，等位基因长度为196-528bp，各位点等位基因数为6-23个。亲本和子代群体每个位点平均等位基因数目分别为8.5个和11.5个，平均观测杂合度分别为0.7211和0.6319，平均期望杂合度分别为0.7748和0.7635，平均多态信息含量分别为0.7315和0.7286。根据标记信息利用最大似然法对两个世代的个体分别进行系谱结构推断，亲本群体划分为6个群体，群体间遗传距离为0.2773-2.356，均值为1.5097；子代群体划分为17个群体，群体间遗传距离为0-2.5929，均值为1.1132。亲本和子代分群体间的遗传距离变化范围为0-3.0892，均值为1.2380。根据各分群体间的Nei s遗传距离，用非加权组平均法（UPGMA）构建了日本对虾两个世代的遗传进化树。其中18个分群体（4个亲本群体和14个子群体）经过聚类后形成3个分支，其余5个分群体（2个亲本群体和3个子群体）明显偏离于主支。研究发现，子代的观测杂合度明显低于亲本，说明子代在继承亲本遗传信息的过程中已经丢失了一定的杂合性。随机选取286只人工养殖的日本对虾进行耐高温性状的测试，对其8项形态性状进行测量。采用相关分析和通径分析方法，计算以日本对虾生长性状为自变量对耐高温性状做依变量的相关系数、通径系数、决定系数以及相关指数，定量分析生长性状对耐高温性状的影响效果。从耐温测试的群体中随机选取150个个体，用8对微卫星引物对每个个体进行基因分型，根据分型结果计算出其近交系数，分析了近交系数与生长性状和耐高温性状的相关性。结果表明，日本对虾的8个形态性状与UTT(Upper temperature tolerance)的相关系数达到极显著水平（p<0.01）。在通径分析的结果中保留了达到显著水平的体长、头胸甲宽、六腹节长、二三腹节宽和二三腹节高5个变量，建立了这5个性状与UTT的多元回归方程。在抽取的150个个体中的绝大多数存在不同程度的近交，该群体的近交系数与体重、体长和UTT的相关性均为不显著。在健壮的日本对虾备选亲本中挑选15尾雄虾和30尾雌虾构成交配组，由其自然交尾。最终收获了12尾雄虾和20尾受精雌虾，成功构建了6个日本对虾养殖家系。用亲本的肌肉组织和多个早期仔虾的混合样提取基因组DNA，用12对微卫星引物实现对亲本个体水平和子代家系水平的基因分型，由分型结果根据孟德尔遗传定律进行父本鉴定。最终为6个家系中的5个找到了父本，并且发现有2个家系的父本为同一尾雄虾，有1个家系的父本丢失。本研究验证了在日本对虾育种工作中家系生长早期鉴定出家系父本的可行性。为了给日本对虾后续育种提供参考,用12个微卫星位点研究了分属于14个家系的15个日本对虾养殖群体的亲缘关系。在有效的数据中共检测到241个等位基因，各个位点的等位基因数目为5-30个，平均每个位点的等位基因数为20.08个；平均观测杂合度范围为0.804，平均期望杂合度范围为0.899，平均多态信息含量范围为0.889。15个群体的平均总近交系数FIT为0.1081，平均家系内近交系数FIS为-0.2338。各位点的平均遗传分化指数FST为0.2771，平均基因流指数Nm为0.6521。根据群体间的Nei s遗传距离用UPGMA法对15个群体进行聚类,除属于一个家系的群体C6和D12外，B4和C7群体的遗传关系最近，C10群体与其他群体的遗传关系最远。对个体的家系重建把每一个个体准确划入各自分属的家系。在12个微卫星位点中的8个检测到了无效等位基因。结果表明研究群体的遗传多样性较高，群体间整体遗传分化较高，基因交流程度低，下一步的配种计划中应尽量避免B4和C7等亲缘关系近的群体之间的交配以减少近交的发生。这12个微卫星位点的组合可用作亲缘关系的分析，对无效等位基因出现频率较高的位点如76号位点在以后的研究中应慎重选择。比较了分别用系谱和分子相关的方法估算日本对虾G2代10月龄体重的遗传参数，为相关的科研工作提供参考。采取基于下一代测序技术双末端测序法的SLAF测序技术对日本对虾不耐高温和耐高温两个性状池进行SNP分子标记的筛选，初步探究日本对虾与耐高温性状相关的SNP位点的筛查。共获得总测序长度4537440bp，得到了50416个高质量的SLAF标记，标记的平均测序深度达64.48x。含有潜在SNP的SLAF标记有4697，占总数的9.13%，未发现含有插入或缺失标记类型的SLAF。在含有潜在SNP的SLAF标记中，共有1,151个在其中一个性状池占主导基因型的标记。把主导基因型与非主导基因型的比值大于5的SLAF标记认为是可能与日本对虾耐高温性状相关联的标记，这类标记在不耐高温池和耐高温池中分别有46个和42个，每个SLAF标记上有1-4个潜在的SNP，两个性状池中与耐高温相关联的潜在的SNP中总的转换类型的潜在SNP数目是颠换类型数目的1.39倍。