在全球化趋势不断深入，技术更新速度不断加快的背景下，产品和服务的生命周期变得越来越短，导致企业的竞争环境变幻莫测，对技术创新持续性的要求越来越高。持续的技术创新要求创新技术在不同学科、技术领域之间的交叉融合更加深入，企业进行独立的技术创新活动也变得愈发艰难，而合作创新项目可以有效地维持企业创新的持续性，已被广泛应用于新技术的开发和商业化的过程中。从知识互动的视角对合作创新项目的研究，是在合作创新研究中的一个新视角。在理论分析的基础上，可以将合作创新项目分为低复杂性的合作创新项目、高复杂性的合作创新项目和中复杂性的合作创新项目，并根据项目对知识互动水平的需求差异，提出适合各知识互动水平的治理方式：市场方式、企业层级方式和组织间方式。　　实证研究证明，低复杂性项目需要低水平的知识互动，选择市场化治理方式可以取得更高的合作创新项目绩效水平；高复杂性项目需要高水平的知识互动，选择企业层级治理方式可以取得更高的合作创新项目绩效水平；中复杂性项目需要中等水平的知识互动，选择组织间治理方式可以取得更高的合作创新项目绩效水平。对于项目的复杂性而言，技术的相互依存/相互制约、技术和知识的领域是决定项目复杂性最主要的两个因素，其次是不确定因素、模块化、复杂系统、失败损失、创新速度、知识互补性、资产专用性、信息不对称性和知识溢出等，而人力资本、技术和产品范围等因素对项目复杂性不存在显著的影响，不是决定项目项目复杂性的主要因素。对于合作创新过程中的知识互动而言，合作方对项目信息和知识的交流频度是决定知识互动水平的最主要因素，其次是探讨的深入性、知识获取主动性、保障措施、任务协作、有用知识的获得、项目方案的参与深度等。对于合作创新项目绩效而言，经济效益是决定项目绩效的最主要因素，其次是目标完成度、利益相关者满意度、技术转化、人才培养等。据此，从创新资源评估、合作创新项目的分类识别、合作创新项目治理方式的选择、知识互动和政府部门等角度，对合作创新项目跨边界治理问题提出了相应的对策建议。