中国是苹果属(Malus Mill．)植物起源中心之一，种质资源丰富，品种类型复杂多样，在研究苹果属种质资源的起源演化、亲缘关系以及遗传多样性等方面居重要的地位。但是，由于苹果属植物基因型高度杂合，种质类型或品种之间的遗传关系和演化过程等许多理论问题利用传统的分析验证方法尚未得到解决。SSR在基因组中数量丰富，具有多态性高、信息量丰富，呈共显性遗传，稳定性好，有利于遗传多样性与亲缘关系研究。利用SSR技术，共选取包括17份栽培品种、10份新疆的野生苹果、13份地方品种和19份野生种或其变种在内的分属于苹果属19个种的59份种质资源材料，进行品种鉴定、遗传多样性和亲缘关系等方面的研究。取得的主要实验结果如下：1、SSR分子标记多态性好、稳定性高，可以用于苹果属种质资源的亲缘关系和遗传多样性分析。筛选出的12对SSR引物共获得176个等位基因。不同引物扩增的等位基因数10～18个不等，平均每个位点14.7个等位基因。每对引物扩增条带全部为多态性条带，位点杂合度在0.4039～0.7412之间，遗传多样性指数为0.6156。2、SSR方法依据不同品种或类型在不同的位点所具有特异指纹可以快速的进行品种鉴定，而且鉴定的准确率高。建立了59份苹果属种质资源材料的SSR指纹图谱，在筛选出的12对引物中，利用其中的3对引物(CH02a04、CH02g04和CH01f03b)即可区分全部供试材料，引物对CH02a04和CH04h02对供试材料的区分率分别为74.6％和71.2％。而17个栽培品种、10个新疆的野生苹果品种、13个地方品种和19个野生种或其变型分别仅用2对、1对、1对和2对SSR引物即可区分，区分率较高。3、建立了59份材料的亲缘关系聚类图。59份材料的相似系数在0.7226～0.9935之间，平均值为0.8070。59份材料均能分开，在相似系数为0.803处可以分为3个类群，与起源演化相关。类群Ⅰ包括全部的野生种及其变种；类群Ⅱ包括全部供试的新疆的野生苹果和地方品种；类群Ⅲ由全部供试的同属欧亚苹果组的全部栽培品种以及两个地方品种牛妈妈海棠和崂山奈子组成的，地方品种的崂山奈子和牛妈妈海棠则可能在起源上更接近于栽培品种。4、本研究用SSR的方法，从分子水平上与苹果属植物起源演化和亲缘关系的传统的研究结果进行了比较，与新的苹果属植物的分类系统基本一致。并且为朱眉海棠和变叶海棠等的归属问题提供了分子水平的证据。