新中国成立以来,我国制造业经历了快速增长,各省份已建立起较完备又竞相发展的制造业体系,并形成了明显的“全国-行业-企业”的层级嵌套结构。在这样的多层级经济结构中,生产要素流动及其引致的资源再配置效应也具有同样的嵌套结构特征,也就是说,要素流动不仅存在于同一行业内部的不同企业之间,而且还存在于不同行业之间。然而,现有基于微观企业数据展开的生产率分解研究并未将此因素考虑其中,这毫无疑问会忽视行业间要素流动对全要素生产率增长的影响,也会使得企业间要素流动对全要素生产率增长的判断存在偏差。为此,本文基于嵌套经济结构视角,在Melitz和Polanec（2015）提出并应用的DOPD生产率分解模型基础上,尝试性地构建了一个涵盖“全国—行业—企业”的生产率两级分解模型,并以《中国工业企业数据库》中长江经济带11个省市的近160万个制造业企业数据为估计样本,来剖析长江经济带制造业全要素生产率增长的源泉构成及其演变规律,并从提升资源配置效率出发,提出相应的对策建议。研究结论表明:（1）长江经济带制造业TFP在1998-2012年间以缓慢上升的态势不断增长,年平均增长率为9.95%,其中,制造业TFP在2008-2012年间表现出了高速增长态势,年均增速达到了11.31%。但制造业TFP异质性明显,主要表现为各行业TFP差距较大,在轻重工业类别上的差异尤为明显,此外,各地区TFP表现出了下游最大、中游次之、上游最小的梯度差距。（2）长江经济带制造业TFP增长的首要源泉是在位企业的学习效应,制造业内部的资源再配置效应对制造业TFP增长的贡献相对较弱,行业选择效应、企业选择效应以及企业更替效应均促进了制造业TFP增长,但这三类效应的演变趋势具有明显差异,具体表现为观测期间,行业选择效应的促进作用并未得到提升,企业选择效应的促进作用在不断减弱,只有企业更替效应的促进作用在不断提升。（3）资源再配置效应在观测期间表现出了明显的企业所有制异质性、行业异质性和区域异质性,削弱资源再配置效应在企业层面、行业层面以及区域层面的差距可有效提升长江经济带制造业的资源配置效率。为提升长江经济带制造业资源配置效率,本文的建议如下:（1）推进要素市场化建设,提高资源配置效率;（2）完善市场竞争机制,推进混合所有制改革;（3）合理优化行业结构,推动制造业转型升;（4）构建地区差异化发展模式,实现区域经济协调发展。