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野油菜黄单胞菌黑腐病致病型(Xcc)作为一种重要的全球性经济作物病原菌及致病分子机理研究的模式菌株,其全基因组的研究具有重大意义.首先,将Xcc8004基因组DNA经超声波断裂后构建插入片段大小为1.5-3kb的pUC18shotgun文库;然后提取质粒作为模板,采用双脱氧法在ABI-Prism377、ABI-Prism3700、MegaBACE1000自动测序仪上进行大规模随机测序,测序的结果通过Phred/Phrap软件拼接成contig(区域重叠群),并在Consed窗口中显示以供检查、编辑;再构建插入片段为8-10kb的pUC18shotgun文库并测序,插入片段来自于Xcc8004基因组DNA的酶切反应,并同时构建Cosmid文库备用.最终该工作测序量达到52Mbp、10倍覆盖率,其1.5-3kb插入片段总长达到25倍覆盖率,测序总长达到9.6倍覆盖率,构成了Xcc全基因组的基本框架;8-10kb插入片段总长达到5倍覆盖率,末端测序总长达到0.6倍覆盖率,为填补缺口及正确组装全基因组序列提供了依据.最后利用Consed软件的autofinish功能及手工设计的一系列程序,采用Primerwalking、subclning、physicalmapping等方法将contig间的缺口补平,得到完整的全基因组序列5,119,497bp,G+C﹪为64.94﹪.该文参与了Xcc基因组建库、测序及拼装的工作,这些工作在上海国家人类基因组南方研究中心完成.该论文第二部分是利用TAIL-PCR方法快速分离Xcc群体感应信号相关基因.